来自多个 hclust 对象的共识树或“引导比例”

我有一个由一个变量的轻微变化产生的 hclust 对象列表（用于计算距离矩阵）

• 现在我想从这个列表中建立一个共识树。

有通用包可以做到这一点吗？我正在破解我的出路 maanova 的一些代码似乎可以工作 - 但它很丑陋而且它 需要大量的黑客工作，因为我没有进行“正常”的引导（它是 化学数据）。

/Palle Villesen，丹麦

c1_list <- seq(10,100,by=10)
c2 <- 30
e<- 1
mboot <- list()
for (i in 1: length(c1_list) ) {
   c1 <- c1_list[i]
   cat("Doing C1=",c1,"...")
   x <- hclust(custom_euclidean(t(log2(data[, all]+1)), c1,c2,e), method='average')
   cat("..done\n")
   mboot[[i]] <- x # To get hclust object back use mbot[[i]] to get i'th object
}

#### Now extract the robust groups from mboot...

首先，看一下艾伦·塔克（Allan Tucker）的共识聚类代码 http://people.brunel.ac.uk/~cssrajt/RConsensus/，与他的论文相关“基因表达数据的共识聚类和功能解释” http://people.brunel.ac.uk/~cssrajt/Papers/GBConsensus.pdf.

以下是其他一些提示：

• 你提到你正在使用马诺瓦包 http://cran.r-project.org/web/packages/maanova/;这可以从引导集群结果中构建一个共识树consensus()功能。你尝试过吗？
• The 猿包 http://cran.r-project.org/web/packages/ape/用于系统发育树分析，因此它可能不完全相关，但您可以研究一下。有R-Help 上使用 hclust 的示例 http://www.mail-archive.com/r-help@stat.math.ethz.ch/msg55545.html.
• 同样，nem 包，是 bioconductor 的一部分 http://www.bioconductor.org/packages/2.4/bioc/html/nem.html有一些例子。