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使用 ape 包在 R 中进行标签和色叶树状图(系统发育)
继上一篇文章之后 r 中的标签和彩色叶树状图 https stackoverflow com questions 18802519 label and color leaf dendrogram in r 我有一个后续问题 我的问题与提到的
r
plot
dendrogram
phylogeny
dendextend
循环系统发育树上的节点标签
我正在尝试创建循环系统发育树 我有这部分代码 fit lt hclust dist Data 4 method complete members NULL nclus 3 color c red blue green color list
r
clusteranalysis
datavisualization
phylogeny
apephylo
tangelgram 的彩色线 - 包 ape 函数 cophyloplot
我正在尝试对包含相同分类单元的两棵树进行系统发育比较 我想根据隔离站点为连接着色 我原以为我已经成功执行了此操作 但我的工作流程中存在错误 即彩色线与隔离站点不准确对应 我想知道您是否有任何见解 请在下面找到我的可复制示例 site lt
r
phylogeny
ape
apephylo
使用点将提示标签链接到系统发育树
我正在尝试使用 R 中的 ape 包和函数plot phylo 生成一个非超度量树 我正在努力寻找任何有关如何使尖端标签在其左边缘垂直对齐以及如何用一系列点 可变长度 将物种名称连接到节点尖端的文档 任何帮助以及 R 中可能能够实现此目的的
r
plot
phylogeny
如何从出租车中获取界、门、纲、目、科、属和种的分类学特定 ID?
我有一个出租车列表 如下所示 1204725 2162 1300163 420247 我希望从上面的出租车中按顺序获取带有分类 ID 的文件 kingdom id phylum id class id order id family id
Bioinformatics
taxonomy
phylogeny
ncbi
etetoolkit
R引导错误中的Phylo相关图?
我正在尝试根据我的数据创建一个系统相关图phyloCorrelogram来自phylosignal包以测试系统发育信号的存在 我的数据在所谓的phylo4d格式并被称为tree 现在 当我跑步时phyloCorrelogram tree 我
r
phylogeny
apephylo
每个物种使用多个条目的系统发育模型
我对系统发育回归模型比较陌生 过去 当我的树中每个物种只有 1 个条目时 我使用 PGLS 现在我有一个包含 9 个物种的数千条记录的数据集 我想运行一个系统发育模型 我阅读了最常见的软件包 例如 caper 的教程 但我不确定如何构建模型
mixedmodels
phylogeny
R phylo对象:如何连接节点标签和节点编号
R 中的 phylo 对象可以具有内部节点标签 phylo obj node label 但许多 R 函数使用节点编号而不是节点标签 甚至 phylo 对象本身也使用节点号来描述边 phylo obj edge 并且似乎没有内部节点标签到这
r
Tree
Nodes
phylogeny
ape
R-如何在 haploNet haplotyp Networks {pegas} {ape} {adegenet} 中绘制正确的饼图
当使用 haploNet 包在单倍型网络上绘制一些图时 我使用了互联网上提供的脚本来执行此操作 不过我觉得有什么地方不对劲 该脚本以 woodmouse 示例的形式提供 我使用的代码是 x lt read dna file Masto fa
r
dnasequence
phylogeny
genetics
将 ifelse 函数应用于系统发育扇的颜色提示
作为系统发育爱好者 我想通过应用 if 语句对提示 类似于本例中的 62 个物种 进行颜色编码 我目前正在使用以下代码 试图将与 O 相关的所有物种着色为深绿色 ColourIf ifelse LU O blue darkgreen tif
r
ifstatement
plot
Colors
phylogeny