我正在尝试使用 R 中的 ape 包和函数plot.phylo() 生成一个非超度量树。我正在努力寻找任何有关如何使尖端标签在其左边缘垂直对齐以及如何用一系列点（可变长度）将物种名称连接到节点尖端的文档。
任何帮助以及 R 中可能能够实现此目的的其他包的链接将不胜感激。
的一个例子纽维克树 http://pastebin.com/vHe2sX6E
我没有任何我想要的树示例，但是，描述似乎是不言自明的。标签将全部移至最右侧，并在左侧对齐，然后一系列点 (.......) 将标签链接到旧位置所在的位置。
MLJTT = newickTree (as a string)
plot.phylo(read.tree(text = MLJTT), show.tip.label = T,use.edge.length = T, no.margin = T, cex = 0.55)
And example of three that I want to copy the layout of from here http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0059614:
好的，我最终稍微修改了默认值plot.phylo代码来适应这种变化。它看起来是这样的
library(ape)
plot.phylo2 <- plot.phylo
environment(plot.phylo2) <- environment(plot.phylo)
body(plot.phylo2)[[c(34, 3, 6, 3, 4, 3)]] <- quote({
mx <- max(xx[1:Ntip])
segments(xx[1:Ntip], yy[1:Ntip] + loy, mx, yy[1:Ntip] + loy,
lty=2, col="grey")
text(mx + lox, yy[1:Ntip] + loy, x$tip.label, adj = adj,
font = font, srt = srt, cex = cex, col = tip.color)
})
这有点脆弱，可能会在不同版本中发生变化ape，我已经用版本测试过这个ape_3.1-4。您可以通过验证来检查这是否有效
body(plot.phylo)[[c(34, 3, 6, 3, 4, 3)]]
returns
text(xx[1:Ntip] + lox, yy[1:Ntip] + loy, x$tip.label, adj = adj,
font = font, srt = srt, cex = cex, col = tip.color)
只是为了确保我们更改的是正确的线路。但上面的代码基本上通过移动绘制标签的 x 轴并添加虚线段来替换绘制标签的那条线。然后你可以用你的测试数据运行它
MLJTT = read.tree(text="..<sample data>..")
plot.phylo2(MLJTT,
show.tip.label = T,use.edge.length = T, no.margin = T, cex = 0.55)
这会产生