强制 shell 在 SunGrid 引擎中使用 conda 变量中的 python [重复]

2024-06-26

我正在尝试在 SunGrid 引擎中执行 python 文件,并且从 anaconda3 环境变量中执行它。

我的代码很简单:

from __future__ import print_function
import urllib3
import numpy as np

if __name__ == '__main__':
    print('Hellooo')

我这样称呼它:

qsub -V -b n -cwd -pe mp 3 playground.py

但我收到此错误:

from: can't read /var/mail/__future__
import: unable to open X server `' @ error/import.c/ImportImageCommand/358.
/var/spool/gridengine/execd/cluster-rp-02/job_scripts/22924: 3: /var/spool/gridengine/execd/cluster-rp-02/job_scripts/22924: Syntax error: word unexpected (expecting ")")

我在网上查找了该错误,并找到了解决方案:收到 Python 错误“来自:无法读取 /var/mail/Bio” https://stackoverflow.com/questions/16069816/getting-python-error-from-cant-read-var-mail-bio

它建议添加:#!/usr/bin/env python在Python代码的开头。

我正在使用 anaconda3,其中使用的 python 的目的地不相同。所以,应该是:#!../anaconda3/envs/py3/bin/python

但是当我添加此脚本时,我收到此错误:

/home/master/bin/sge_mp_startup.sh: 10: exec: /var/spool/gridengine/execd/cluster-rp-01/job_scripts/22926: not found

我错过了什么?


从链接的问题:

如果您的脚本存储在名为 script.py 的文件中,则必须将其执行为python script.py

所以你可以添加../anaconda3/envs/py3/bin/python到命令行:

qsub -V -b n -cwd -pe mp 3 ../anaconda3/envs/py3/bin/python playground.py

Or if ../anaconda3/envs/py3/bin/python是第一个python路径中的可执行文件,您可以简化:

qsub -V -b n -cwd -pe mp 3 python playground.py
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