在数据库领域中有两个词很容易混淆，这就是“数据库”(database)和“实例”(instance)。作为常见的数据库术语，这两个词的定义如下。数据库：物理操作系统文件或其他形式文件类型的集合。
实例：数据库管理程序，MySQL数据库由后台线程以及一个共享内存区组成，共享内存可以被运行的后台线程所共享。
在MySQL数据库中，实例与数据库的关通常系是一一对应的，即一个实例对应一个数据库，一个数据库对应一个实例。但是，在集群情况下可能存在一个数据库被多个数据实例使用的情况。MySQL被设计为一个单进程多线程架构的数据库，这也就是说，MySQL数据库实例在系统上的表现就是一个进程。
MySQL体系结构
MySQL数据库的体系结构如下图：
可以发现，MySQL由以下几部分组成：连接池组件
管理服务和工具组件
SQL接口组件
查询分析器组件
优化器组件
缓冲(Cache)组件
插件式存储引擎
物理文件
MySQL数据库区别于其他数据库的最重要的一个特点就是其插件式的表存储引擎。MySQL插件式的存储引擎架构提供了一系列标准的管理和服务支持，这些标准与存储引擎本身无关，可能是每个数据库系统本身都必需的，如SQL分析器和优化器等。而存储引擎是底层物理结构的实现，每个存储引擎开发者可以按照自己的意愿来进行开发。需要特别注意的是，存储引擎是基于表的，而不是数据库。
MySQL存储引擎
InnoDB存储引擎
InnoDB存储引擎支持事务，其设计目标主要面向在线事务处理(OLTP)的应用。其特点是行锁设计、支持外键，并支持类似于Oracle的非锁定读，即默认读取操作不会产生锁。从MySQL数据库5.5.8版本开始，InnoDB存储引擎是默认的存储引擎。
InnoDB存储引擎将数据放在一个逻辑的表空间中，这个表空间就像黑盒一样由InnoDB存储引擎自身进行管理。从MySQL 4.1(包括4.1)版本开始，它可以将每个InnoDB存储引擎的表单独存放到一个独立的ibd文件中。此外，InnoDB存储引擎支持用裸设备(row disk)用来建立其表空间。
InnoDB通过使用多版本并发控制(MVCC)来获得高并发性，并且实现了SQL标准的4种隔离级别，默认为REPEATABLE级别。同时，使用一种被称为next-keylocking的策略来避免幻读(phantom)现象的产生。除此之外，InnoDB储存引擎还提供了插入缓冲(insert buffer)、二次写(double write)、自适应哈希索引(adaptive hash index)、预读(read ahead)等高性能和高可用的功能。
对于表中数据的存储，InnoDB存储引擎采用了聚集(clustered)的方式，因此每张表的存储都是按主键的顺序进行存放。如果没有显式地在表定义时指定主键，InnoDB存储引擎会为每一行生成一个6字节的ROWID，并以此作为主键。
MyISAM存储引擎
MyISAM存储引擎不支持事务、表锁设计，支持全文索引，主要面向一些OLAP数据库应用。在MySQL 5.5.8版本之前MyISAM存储引擎是默认的存储引擎(除Windows版本外)。
数据库系统与文件系统很大的一个不同之处在于对事务的支持，然而MyISAM存储引擎是不支持事务的。究其根本，这也不是很难理解。试想用户是否在所有的应用中都需要事务呢？在数据仓库中，如果没有ETL这些操作，只是简单的报表查询是否还需要事务的支持呢？
此外，MyISAM存储引擎的另一个与众不同的地方是它的缓冲池只缓存(cache)索引文件，而不缓冲数据文件，这点和大多数的数据库都非常不同。
Memory存储引擎
Memory存储引擎(之前称HEAP存储引擎)将表中的数据存放在内存中，如果数据库重启或发生崩溃，表中的数据都将消失。它非常适合用于存储临时数据的临时表，以及数据仓库中的纬度表。Memory存储引擎默认使用哈希索引，而不是我们熟悉的B+树索引。
虽然Memory存储引擎速度非常快，但在使用上还是有一定的限制。比如，只支持表锁，并发性能较差，并且不支持TEXT和BLOB列类型。最重要的是，存储变长字段(varchar)时是按照定常字段(char)的方式进行的，因此会浪费内存。
此外有一点容易被忽视，MySQL数据库使用Memory存储引擎作为临时表来存放查询的中间结果集(intermediate result)。如果中间结果集大于Memory存储引擎表的容量设置，又或者中间结果含有TEXT或BLOB列类型字段，则MySQL数据库会把其转换到MyISAM存储引擎表而存放到磁盘中。之前提到MyISAM不缓存数据文件，因此这时产生的临时表的性能对于查询会有损失。
各存储引擎之间的比较
下图取自于MySQL的官方手册，展现了一些常用MySQL存储引擎之间的不同之处，包括存储容量的限制、事务支持、锁的粒度、MVCC支持、支持的索引、备份和复制等。
InnoDB存储引擎
InnoDB是事务安全的MySQL存储引擎，设计上采用了类似于Oracle数据库的架构。通常来说，InnoDB存储引擎是OLTP应用中核心表的首选存储引擎。
InnoDB存储引擎被包含于所有MySQL数据库的二进制发行版本中，早期其版本随着MySQL数据库的更新而更新。从MySQL 5.1版本时，MySQL数据库允许存储引擎开发商以动态方式加载引擎，这样存储引擎的更新可以不受MySQL数据库版本的限制。所以在MySQL 5.1中，可以支持两个版本的InnoDB，一个是静态编译的InnoDB版本，可将其视为老版本的InnoDB；另一个是动态加载的InnoDB版本，官方称为InnoDB Plugin，可将其视为InnoDB 1.0.x版本。MySQL 5.5版本中又将InnoDB的版本升级到了1.1.x。而在MySQL 5.6版本中InnoDB的版本也随着升级为1.2.x版本。下表显示了各个版本中InnoDB存储引擎的功能。
体系架构
下图简单显示了InnoDB的存储引擎的体系架构，从图可见，InnoDB存储引擎有多个内存块，可以认为这些内存块组成了一个大的内存池。后台线程的主要作用是负责刷新内存池中的数据，保证缓冲池中的内存缓存的是最近的数据。此外将已修改的数据文件刷新到磁盘文件，同时保证在数据库发生异常的情况下InnoDB能恢复到正常运行状态。
后台线程1. Master Thread
Master Thread是一个非常核心的后台线程，主要负责将缓冲池中的数据异步刷新到磁盘，保证数据的一致性，包括脏页的刷新、合并插入缓冲(INSERTBUFFER)、UNDO页的回收等(后面的版本分离了部分功能到其他线程中)。2. IO Thread
在InnoDB存储引擎中大量使用了AIO(Async IO)来处理写IO请求，这样可以极大提高数据库的性能。而IO Thread的工作主要是负责这些IO请求的回调(callback)处理。
InnoDB 1.0版本之前共有4个IO Thread，分别是write、read、insert buffer和log IO thread。在Linux平台下，IO Thread的数量不能进行调整，但是在Windows平台下可以通过参数innodb_file_io_threads来增大IOThread。从InnoDB 1.0.x版本开始，read thread和write thread分别增大到了4个，并且不再使用innodb_file_io_threads参数，而是分别使用innodb_read_io_threads和innodb_write_io_threads参数进行设置。3. Purge Thread
事务被提交后，其所使用的undo log可能不再需要，因此需要Purge Thread来回收已经使用并分配的undo页。用户可以在MySQL数据库的配置文件中添加如下命令来启用独立的Purge Thread：[mysqld]
innodb_purge_threads = 1
从InnoDB 1.2版本开始，InnoDB支持多个Purge Thread，这样做的目的是为了进一步加快undo页的回收。同时由于Purge Thread需要离散地读取undo页，这样也能更进一步利用磁盘的随机读取性能。4. Page Cleaner Thread
Page Cleaner Thread是在InnoDB 1.2.x版本中引入的，其作用是将之前版本中脏页的刷新操作都放入到单独的线程中来完成。而其目的是为了减轻原Master Thread的工作及对于用户查询线程的阻塞，进一步提高InnoDB存储引擎的性能。
内存1. 缓冲池
缓冲池简单来说就是一块内存区域，通过内存的速度来弥补磁盘速度较慢对数据库性能的影响。在数据库中进行读取页的操作，首先将从磁盘读到的页存放在缓冲池中，这个过程称为将页“FIX”在缓冲池中。下一次再读相同的页时，首先判断该页是否在缓冲池中。若在缓冲池中，称该页在缓冲池中被命中，直接读取该页。否则，读取磁盘上的页。
对于数据库中页的修改操作，则首先修改在缓冲池中的页，然后再以一定的频率刷新到磁盘上。这里需要注意的是，页从缓冲池刷新回磁盘的操作并不是在每次页发生更新时触发，而是通过一种称为Checkpoint的机制刷新回磁盘。同样，这也是为了提高数据库的整体性能。
对于InnoDB存储引擎而言，其缓冲池的配置通过参数innodb_buffer_pool_size来设置。
具体来看，缓冲池中缓存的数据页类型有：索引页、数据页、undo页、插入缓冲(insert buffer)、自适应哈希索引(adaptive hash index)、InnoDB存储的锁信息(lock info)、数据字典信息(data dictionary)等。不能简单地认为，缓冲池只是缓存索引页和数据页，它们只是占缓冲池很大的一部分而已。
从InnoDB 1.0.x版本开始，允许有多个缓冲池实例。每个页根据哈希值平均分配到不同缓冲池实例中。这样做的好处是减少数据库内部的资源竞争，增加数据库的并发处理能力。可以通过参数innodb_buffer_pool_instances来进行配置，该值默认为1。
可以通过命令SHOW ENGINE INNODB STATUS或者information_schema架构下的表INNODB_BUFFER_POOL_STATS观察到每个缓冲池实例对象运行的状态。2. LRU List、Free List和Flush List
通常来说，数据库中的缓冲池是通过LRU(Latest Recent Used，最近最少使用)算法来进行管理的。即最频繁使用的页在LRU列表的前端，而最少使用的页在LRU列表的尾端。当缓冲池不能存放新读取到的页时，将首先释放LRU列表中尾端的页。
在InnoDB存储引擎中，缓冲池中页的大小默认为16KB，同样使用LRU算法对缓冲池进行管理。稍有不同的是InnoDB存储引擎对传统的LRU算法做了一些优化。在InnoDB的存储引擎中，LRU列表中还加入了midpoint位置。新读取到的页，虽然是最新访问的页，但并不是直接放入到LRU列表的首部，而是放入到LRU列表的midpoint位置。这个算法在InnoDB存储引擎下称为midpoint insertionstrategy。在默认配置下，该位置在LRU列表长度的5/8处。midpoint位置可由参数innodb_old_blocks_pct控制。
InnoDB存储引擎引入了另一个参数来进一步管理LRU列表，这个参数是innodb_old_blocks_time，用于表示页读取到mid位置后需要等待多久才会被加入到LRU列表的热端。
LRU列表用来管理已经读取的页，但当数据库刚启动时，LRU列表是空的，即没有任何的页。这时页都存放在Free列表中。当需要从缓冲池中分页时，首先从Free列表中查找是否有可用的空闲页，若有则将该页从Free列表中删除，放入到LRU列表中。否则，根据LRU算法，淘汰LRU列表末尾的页，将该内存空间分配给新的页。当页从LRU列表的old部分加入到new部分时，称此时发生的操作为page madeyoung，而因为innodb_old_blocks_time的设置而导致页没有从old部分移动到new部分的操作称为page not made young。可以通过命令SHOW ENGINEINNODB STATUS来观察LRU列表及Free列表的使用情况和运行状态。
在LRU列表中的页被修改后，称该页为脏页(dirty page)，即缓冲池中的页和磁盘上的页的数据产生了不一致。这时数据库会通过CHECKPOINT机制将脏页刷新回磁盘，而Flush列表中的页即为脏页列表。需要注意的是，脏页既存在于LRU列表中，也存在于Flush列表中。LRU列表用来管理缓冲池中页的可用性，Flush列表用来管理将页刷新回磁盘，二者互不影响。3. 重做日志缓冲
InnoDB存储引擎首先将重做日志信息先放入到重做日志缓冲区，然后按一定频率将其刷新到重做日志文件。重做日志缓冲一般不需要设置得很大，因为一般情况下每一秒钟会将重做日志缓冲刷新到日志文件，因此用户只需要保证每秒产生的事务量在这个缓冲大小之内即可。该值可由配置参数innodb_log_buffer_size控制，默认为8MB。
重做日志在下列三种情况下会将重做日志缓冲中的内容刷新到外部磁盘的重做日志文件中：Master Thread每一秒将重做日志缓冲刷新到重做日志文件。
每个事务提交时会将重做日志缓冲刷新到重做日志文件(由参数控制)。
当重做日志缓冲池剩余空间小于1/2时，重做日志缓冲刷新到重做日志文件。
Checkpoint技术
倘若每次一个页发生变化，就将新页的版本刷新到磁盘，那么这个开销是非常大的。若热点数据集中在某几个页中，那么数据库的性能将变得非常差。同时，如果在从缓冲池将页的新版本刷新到磁盘时发生了宕机，那么数据就不能恢复了。为了避免发生数据丢失的问题，当前事务数据库系统普遍都采用了Write Ahead Log策略，即当事务提交时，先写重做日志，再修改页。当由于发生宕机而导致数据丢失时，通过重做日志来完成数据的恢复。这也是事务ACID中D(Durability持久性)的要求。
Checkpoint(检查点)技术的目的是解决以下几个问题：缩短数据库的恢复时间。
缓冲池不够用时，将脏页刷新到磁盘。
重做日志不可用时，刷新脏页。
当数据库发生宕机时，数据库不需要重做所有的日志，因为Checkpoint之前的页都已经刷新回磁盘。故数据库只需对Checkpoint后的重做日志进行恢复。这样就大大缩短了恢复的时间。
此外，当缓冲池不够用时，根据LRU算法会溢出最近最少使用的页，若此页为脏页，那么需要强制执行Checkpoint，将脏页也就是页的新版本刷回磁盘。
重做日志出现不可用的情况是因为当前事务数据库系统对重做日志的设计都是循环使用的，并不是让其无限增大的，这从成本及管理上都是比较困难的。重做日志可以被重用的部分是指这些重做日志已经不再需要，即当数据库发生宕机时，数据库恢复操作不需要这部分的重做日志，因此这部分就可以被覆盖重用。若此时重做日志还需要使用，那么必须强制产生Checkpoint，将缓冲池中的页至少刷新到当前重做日志的位置。
InnoDB关键特性
InnoDB存储引擎的关键特性包括：插入缓冲(Insert Buffer)
两次写(Double Write)
自适应哈希索引(Adaptive Hash Index)
异步IO(Async IO)
刷新邻接页(Flush Neighbor Page)
插入缓冲1. Insert Buffer
Insert Buffer这个名字可能会让人认为插入缓冲是缓冲池中的一个组成部分。其实不然，InnoDB缓冲池中有Insert Buffer信息固然不错，但是Insert Buffer和数据页一样，也是物理页的一个组成部分。
在InnoDB存储引擎中，主键是行唯一的标识符。通常应用程序中行记录的插入顺序是按照主键递增的顺序进行插入的。因此，插入聚集索引(Primary Key)一般是顺序的，不需要磁盘的随机读取。
但是不可能每张表上只有一个聚集索引，更多情况下，一张表上有多个非聚集的辅助索引(secondary index)。在进行插入操作时，数据页的存放还是按主键进行顺序存放的，但是对于非聚集索引叶子节点的插入不再是顺序的了，这时就需要离散地访问非聚集索引页，由于随机读取的存在而导致了插入操作性能下降。
InnoDB存储引擎开创性地设计了Insert Buffer，对于非聚集索引的插入或更新操作，不是每一次直接插入到索引页中，而是先判断插入的非聚集索引页是否在缓冲池中，若在，则直接插入；若不在，则先放入到一个Insert Buffer对象中。看上去数据库这个非聚集的索引已经插到叶子节点，而实际并没有，只是存放在另一个位置。然后再以一定的频率和情况进行Insert Buffer和辅助索引页子节点的merge(合并)操作，这时通常能将多个插入合并到一个操作中(因为在一个索引页中)，这就大大提高了对于非聚集索引插入的性能。
然而Insert Buffer的使用需要同时满足以下两个条件：索引是辅助索引(secondary index)。
索引不是唯一(unique)的。
辅助索引不能是唯一的，因为在插入缓冲时，数据库并不去查找索引页来判断插入的记录的唯一性。如果去查找肯定又会有离散读取的情况发生，从而导致Insert Buffer失去了意义。2. Change Buffer
InnoDB从1.0.x版本开始引入了Change Buffer，可将其视为Insert Buffer的升级。从这个版本开始，InnoDB存储引擎可以对DML操作——INSERT、DELETE、UPDATE都进行缓冲，他们分别是：Insert Buffer、Delete Buffer、Purgebuffer。当然和之前Insert Buffer一样，Change Buffer适用的对象依然是非唯一的辅助索引。3. Insert Buffer的内部实现
Insert Buffer的数据结构是一棵B+树。在MySQL 4.1之前的版本中每张表有一棵Insert Buffer B+树。而在现在的版本中，全局只有一棵Insert Buffer B+树，负责对所有的表的辅助索引进行Insert Buffer。而这棵B+树存放在共享表空间中，默认也就是ibdata1中。因此，试图通过独立表空间ibd文件恢复表中数据时，往往会导致CHECK TABLE失败。这是因为表的辅助索引中的数据可能还在Insert Buffer中，也就是共享表空间中，所以通过ibd文件进行恢复后，还需要进行REPAIR TABLE操作来重建表上所有的辅助索引。
两次写
当发生数据库宕机时，可能InnoDB存储引擎正在写入某个页到表中，而这个页只写了一部分，比如16KB的页，只写了前4KB，之后就发生了宕机，这种情况被称为部分写失效(partial page write)。在InnoDB存储引擎未使用doublewrite技术前，曾经出现过因为部分写失效而导致数据丢失的情况。
有经验的DBA也许会想，如果发生写失效，可以通过重做日志进行恢复。这是一个办法。但是必须清楚地认识到，重做日志中记录的是对页的物理操作，如偏移量800，写'aaaa'记录。如果这个页本身已经发生了损坏，再对其进行重做是没有意义的。这就是说，在应用(apply)重做日志前，用户需要一个页的副本，当写入失效发生时，先通过页的副本来还原该页，再进行重做，这就是doublewrite。在InnoDB存储引擎中doublewrite的体系架构如图所示。
doublewrite由两部分组成，一部分是内存中的doublewrite buffer，大小为2MB，另一部分是物理磁盘上共享表空间中连续的128个页，即2个区(extent)，大小同样为2MB。在对缓冲池的脏页进行刷新时，并不直接写磁盘，而是会通过memcpy函数将脏页先复制到内存中的doublewrite buffer，之后通过doublewrite buffer再分两次，每次1MB顺序地写入共享表空间的物理磁盘上，然后马上调用fsync函数，同步磁盘，避免缓冲写带来的问题。在这个过程中，因为doublewrite页是连续的，因此这个过程是顺序写的，开销并不是很大。在完成doublewrite页的写入后，再将doublewrite buffer中的页写入各个表空间文件中，此时的写入则是离散的。
如果操作系统在将页写入磁盘的过程中发生了崩溃，在恢复过程中，InnoDB存储引擎可以从共享表空间中的doublewrite中找到该页的一个副本，将其复制到表空间文件，再应用重做日志。
参数skip_innodb_doublewrite可以禁止使用doublewrite功能，这时可能会发生前面提及的写失效问题。不过如果用户有多个从服务器(slave server)，需要提供较快的性能(如在slaves erver上做的是RAID0)，也许启用这个参数是一个办法。不过对于需要提供数据高可靠性的主服务器(master server)，任何时候用户都应确保开启doublewrite功能。
自适应哈希索引
哈希(hash)是一种非常快的查找方法，在一般情况下这种查找的时间复杂度为O(1)，即一般仅需要一次查找就能定位数据。而B+树的查找次数，取决于B+树的高度，在生产环境中，B+树的高度一般为3～4层，故需要3～4次的查询。
InnoDB存储引擎会监控对表上各索引页的查询。如果观察到建立哈希索引可以带来速度提升，则建立哈希索引，称之为自适应哈希索引(Adaptive Hash Index，AHI)。AHI是通过缓冲池的B+树页构造而来，因此建立的速度很快，而且不需要对整张表构建哈希索引。InnoDB存储引擎会自动根据访问的频率和模式来自动地为某些热点页建立哈希索引。
异步IO
为了提高磁盘操作性能，当前的数据库系统都采用异步IO(Asynchronous IO，AIO)的方式来处理磁盘操作。InnoDB存储引擎亦是如此。
与AIO对应的是Sync IO，即每进行一次IO操作，需要等待此次操作结束才能继续接下来的操作。但是如果用户发出的是一条索引扫描的查询，那么这条SQL查询语句可能需要扫描多个索引页，也就是需要进行多次的IO操作。在每扫描一个页并等待其完成后再进行下一次的扫描，这是没有必要的。用户可以在发出一个IO请求后立即再发出另一个IO请求，当全部IO请求发送完毕后，等待所有IO操作的完成，这就是AIO。
AIO的另一个优势是可以进行IO Merge操作，也就是将多个IO合并为1个IO，这样可以提高IOPS的性能。
刷新邻接页
InnoDB存储引擎还提供了Flush Neighbor Page(刷新邻接页)的特性。其工作原理为：当刷新一个脏页时，InnoDB存储引擎会检测该页所在区(extent)的所有页，如果是脏页，那么一起进行刷新。这样做的好处显而易见，通过AIO可以将多个IO写入操作合并为一个IO操作，故该工作机制在传统机械磁盘下有着显著的优势。但是需要考虑到下面两个问题：是不是可能将不怎么脏的页进行了写入，而该页之后又会很快变成脏页？
固态硬盘有着较高的IOPS，是否还需要这个特性？
为此，InnoDB存储引擎从1.2.x版本开始提供了参数innodb_flush_neighbors，用来控制是否启用该特性。对于传统机械硬盘建议启用该特性，而对于固态硬盘有着超高IOPS性能的磁盘，则建议将该参数设置为0，即关闭此特性。
启动、关闭与恢复
InnoDB是MySQL数据库的存储引擎之一，因此InnoDB存储引擎的启动和关闭，更准确的是指在MySQL实例的启动过程中对InnoDB存储引擎的处理过程。
在关闭时，参数innodb_fast_shutdown影响着表的存储引擎为InnoDB的行为。该参数可取值为0、1、2，默认值为1。0表示在MySQL数据库关闭时，InnoDB需要完成所有的full purge和mergeinsert buffer，并且将所有的脏页刷新回磁盘。这需要一些时间，有时甚至需要几个小时来完成。如果在进行InnoDB升级时，必须将这个参数调为0，然后再关闭数据库。
1是参数innodb_fast_shutdown的默认值，表示不需要完成上述的fullpurge和merge insert buffer操作，但是在缓冲池中的一些数据脏页还是会刷新回磁盘。
2表示不完成full purge和merge insert buffer操作，也不将缓冲池中的数据脏页写回磁盘，而是将日志都写入日志文件。这样不会有任何事务的丢失，但是下次MySQL数据库启动时，会进行恢复操作(recovery)。
当正常关闭MySQL数据库时，下次的启动应该会非常“正常”。但是如果没有正常地关闭数据库，如用kill命令关闭数据库，在MySQL数据库运行中重启了服务器，或者在关闭数据库时，将参数innodb_fast_shutdown设为了2时，下次MySQL数据库启动时都会对InnoDB存储引擎的表进行恢复操作。
