解决科研人痛点的大突破:Zotero 6.0 版有哪些亮点?

2023-11-12

痛点

翻了翻日记,发现我第一次使用 Zotero 文献管理器的时间,是 2008 年 12 月 19 日。这中间曾经因为论文写作需要处理中文文献等原因,若干次切换过其他的文献管理器,包括 NoteExpress 和 Mendeley 等。几经波折,最终 Zotero 成为了我长期使用的文献管理工具。

在学术界,Zotero 早已成为了广受欢迎的文献管理器。Roam Research 插件 ZoteroRoam 的一经发布,就令学者们欢呼雀跃。Heptabase 的用户 On borading 访谈里,开发者 Alan 一听对方是研究生 / 教授,第一句话就是「不好意思,我们目前还没能支持 Zotero」,以便节省双方沟通的时间。

Zotero 一出现,就解决了论文写作者的诸多痛点。例如支持多种文献库,在其中都可以一键抓取元信息等。后来还不断进化,可以云解析 PDF 文件元数据,省去了很多繁琐的人工录入与校对操作。

然而, Zotero 的可用场景和链接粒度,一直不能满足我的需求。

移动互联时代,人们更多时候采用移动设备办公。利用好零碎时间读文献,是个刚需,可惜长期以来,Zotero 一直缺乏移动端 App 。我曾经在 iPad 上面使用 PaperShip 暂且将就,但是试用效果很糟糕。使用其他移动端 PDF 阅读器阅读,还要考虑和 Zotero 的整合同步。前些日子因为发现 LiquidText 支持了 Zotero 整合,我还着实兴奋了一回

更为重要的,是论文阅读往往需要面向输出做准备,我们时刻都需要保留引文和批注的来源和上下文线索。Zotero 里可以保留 PDF 文件,并且进行高亮批注。只是 Zotero 支持的线索粒度,非常粗糙,只能到文献这一层级。对于2-3页纸的短论文,这还可以忍受。但是如果文献是一本书,或者是动辄数百页的毕业论文或长篇报告,那定位到精准的上下文就显得非常重要。

这样一来,不管你用什么笔记工具,都得一方面用深度链接(例如 MarginNote, LiquidText 和 Hook 赋能后的 Skim 等)去指向 PDF 中的精确位置,另一方面,却又时刻不能忘记得把与之相关的 Zotero 文献标记一起记录。否则将来想引用的时候,还得重复找寻折腾。两方面的操作,都随时牵扯,工作流程支离破碎,令我这种懒人很是烦恼。

Zotero 也尝试过用插件系统(例如 Zotfile 等)来解决部分问题。但是除了 Better BibTex 之外,几乎所有的插件都被我从 Zotero 移除了出去。无他,不好用。

这几天,Zotero 6.0 发布了。这个消息,让人兴奋不已。

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这个版本,Zotero 从一款文献管理工具,变成了知识管理与综合工具。它现在的功能,覆盖了文献移动阅读、笔记内容综合,以及通用文本格式与其他工具深度整合能力。我的上述痛点,几乎都在这个版本里面得到了解决。

下面咱们针对最令人兴奋的几大亮点,一一来讲讲。

移动

首先,是 Zotero 终于有了移动版。目前提供的,包括 iOS 和 iPadOS 版本。你可以直接在 App Store 下载。

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Zotero 刚进行 iOS 版本 Test Flight 测试的时候,我就参与了。但是当时使用体验着实不佳,这个测试版就被我扔在一边了。但是这次,我发现正式版迭代完成度非常高。当真「士别三日,当刮目相看」。

为了节省空间,移动版 Zotero 默认只同步元数据,不包含 PDF 文档。需要的时候,你在对应文献条目点选一下,对应的 PDF 就自行下载同步了。

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如果你用过 iPad 上其他的主流 PDF 阅读器,第一眼并不会对 Zotero iPadOS 版本有什么深刻印象。看似平平无奇,不过就是个基本款的 PDF 阅读与批注工具。

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但是,对于做学术研究的人员来说,这个简单的界面覆盖了大部分每天必用的功能。

这些最基本的功能包括:

  • 文本高亮;

  • 注释添加;

  • 图片选择;

  • 自由手绘

咱们一一看看。

先看文本高亮。

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你可以换用不同的颜色进行高亮。高亮之后的文本,算作是原文的直接引用

后一个按钮是注释添加。

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你在阅读 PDF 论文的时候,灵光乍现,会在某些页面留下这样的痕迹。当然,对于高亮文本,也可以点击添加注释。

再来是图片(区域)选择。

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终于,Zotero 也可以把图像直接加入笔记了。你不仅可以把图片截取出来使用,也可以框定公式。但请注意,公式只能作为图片来保存。你是不是期望着画一个框,里面的公式就自动识别成 LaTeX ?目前还不成。

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下面是移动版的特色功能 —— 自由手绘。其实我读论文的时候最爱做的,就是留下类似这种「到此一游」的随意批注。回头再进行细致整理。

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上述的标注结果,都可以在左侧边栏汇总。而且,点击标注,你可以跳转到对应的边栏位置。

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反之,点击左侧边栏上的某张缩略图,也可以跳转到对应的标注上。

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所有在移动设备 Zotero 上的标注,都可以实时云同步到桌面端。

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后续的加工操作,我建议你都放在桌面端进行。因为桌面版相关功能更完善。

默认状态下,你的标注只是跟随着某篇文献。下面是重要的一步——你可以选择把它们都放置到笔记中去。

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这个初始笔记,其实对应了「卡片笔记写作法」里面提到的「文献笔记」(Literature Notes)。但是这不是它的完成态。你可以进一步加工,把它变成「长期笔记」(Permanent Notes)。

点击笔记,选择显示位置,可以立即跳转到 PDF 对应位置,查看上下文。

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综合

单篇文献的笔记,用处有限。梳理文献的时候,你需要多篇文献来构成背景和知识地图。Zotero 6.0 中的笔记,并不限定只包含某一篇论文的内容。你可以随时添加其他论文的标记和批注进来。

当你打开其他文献时,原来的笔记框还在那里,等待你去填充。

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我们给这篇文献高亮部分文字,添加批注,然后可以直接拖动到笔记编辑器的指定位置。

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笔记来源于多篇文献。每一个个段落,都可以显示原始出处,并且方便地跳转到精确的上下文。这样一来,你就可以把多篇笔记中的文本、图片和自己的思考熔于一炉,进行综合了。

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如果你觉得笔记编辑窗口有些小,还可以将其开启为一个独立的窗口。这样用起来就方便多了。

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这个独立的笔记编辑器,目前基本功能齐备。你可以调整文字的大纲级别和字体。

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还可以选用不同颜色,高亮笔记文本。

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支持全文检索,帮助你精准定位某个关键词。

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甚至你还可以通过搜索文献库的方式,再度添加其他文献的引用。

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在笔记编辑功能的辅助下,你可以把来自多篇文献的「文献笔记」通过综合,形成你的「长期笔记」了。长期笔记是你后面论文写作的「预制件」。有了它,你后续的论文写作,就从「痛苦码字」,变成「轻松拼图」,从而达到「写在写先」(Writing before Writings)的目标。

输出

为了方便科研人员的写作,Zotero 笔记提供了多种输出方式。第一种是直接输出到文字处理器(例如 Word),形成可以提交的文稿。

在 word 里面新建文档,你可以直接选择导入笔记。导入的时候,需要指定参考文献的格式。咱们这里以国标 GBT7714-2015 为例,选定之后文献的引用为上标形式。

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对来源文献的文字引用(直引)会带引号,方便你识别,避免后面写作的时候不小心过度引用。你自己的批注和笔记,以及摘取的图片等都一应俱全,而且所有引用的出处都有保留。

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你可以继续导入其他笔记,或者在当前笔记上修改内容。定稿之后,可以一键把参考文献列表加到文后。

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不过,你会看到参考文献列表中部分内容有问题。可能因为选择了中文的缘故,一些英文文献中本来应该出现的 “,et al.” 变成了中文的「等」,还有「卷」其实应该做 "vol" 。希望将来 Zotero 可以自动识别和处理这些小瑕疵。幸好这些都属于细枝末节,你后续可以根据需要,统一进行调整替换。

除了 Microsoft Word 以外,Zotero 还可以支持 Libre Office 等文字处理器,具体使用方法可以参考 这里。

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如果你跟我一样,更喜欢使用 Markdown 而不是 Word 写文章,那么这次 Zotero 6.0 的升级会让你更开心 —— 笔记可以直接输出成为 Markdown 格式。

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在文本编辑器里(此处为 Visual Studio Code)打开输出后 Markdown 文件,是这样的。

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看起来不太直观嘛。没关系,我们把它贴到 Heptabase 里面看看。

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直接引用和截取图片的后面,除了有到文献的链接,还有直达 PDF 精准位置的深度链接,我们点开看看。

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这样,你就可以把 Markdown 融入各种笔记工具,例如 Heptabase, Roam Research 或者 Zettlr 中,在第二大脑进行深度加工。而且这种迁移后的结果,不仅可以保持格式简洁一致,还能随时跳转到笔记来源上下文,使用起来非常流畅。

小结

本文为你介绍了 Zotero 6.0 的主要功能。这次的大版本更新,让你可以随时进行文献的阅读、标注,所有的客户端实时云端同步,再也不必担心这些高亮和标注被忽视和丢弃。你可以进行跨越文献的综合加工,快捷输出为文章成品,也可以把知识萃取和思考结果,融入到「卡片笔记写作法」的工作流程中。

我想说,Zotero,这次你干得漂亮!

除此之外,这个版本还有很多的功能细节改进。篇幅所限,这里就不一一展开了。你可以 点击阅读官方的说明,查看更为完整的介绍。

Zotero 后续还有很多可以完善的地方,例如编辑器字号调整功能等。相信随着时间的推移,开发团队会不断迭代,满足学术用户的这些需求。

如果你想下载使用的话,Zotero 6.0 桌面版本的链接在 这里,iPad 和 iOS 的 App Store 下载 链接在这里。

对 Zotero 这次更新,你是否像我一样感到激动和满意呢?欢迎把你的使用心得分享在留言区,咱们一起交流讨论。

祝文献阅读愉快!

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