散点图中的颜色编码误差线

我正在尝试创建一个森林地块 with R plotly我想通过相应的 p 值对效应大小（点）及其误差线进行颜色编码。

以下是玩具数据：

set.seed(1)

factors <- paste0(1:25,":age")
effect.sizes <- rnorm(25,0,1)
effect.errors <- abs(rnorm(25,0,1))
p.values <- runif(25,0,1)

这就是我正在尝试的：

library(dplyr)
plotly::plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray"))) %>%
      plotly::add_trace(error_x=list(array=effect.errors),marker=list(color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")))) %>%
      plotly::colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value") %>%
      plotly::layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=list(title="Factor",zeroline=F,showticklabels=T))

这给了我：

这与我想要的非常接近，除了：

1. 我希望误差线的颜色与效果大小类似（通过相应的 p 值）。
2. 删除两个trace下面的传说colorbar
3. y 轴上标签的顺序为factors

任何想法？

好吧，我花了一段时间才热身起来plotly技能。由于你的第一点是最难的，我将反向讨论你的观点。

• 1. 这可以通过操纵来实现layout using categoryorder and categoryarray in the yaxis-list（参见 motos 答案here)
• 1. Set showlegend=FALSE
• 1. 这很棘手。我必须移动第一行中的第二行（误差线）。添加了一个颜色向量。将其放入plot_ly-功能。用过的split以允许按组正确着色。为 a 中的点添加了颜色marker-列表。另外我转换​​了p.values通过colorRamp to hex-因为每个更简单的解决方案都不适合我。

看起来像这样：

代码（颜色条造成了一些问题）：

### Set category order
yform <- list(categoryorder = "array",
              categoryarray = rev(factors),
              title="Factor",zeroline=F,showticklabels=T)

### set the color scale and convert it to hex
library(grDevices)
mycramp<-colorRamp(c("darkred","gray"))
mycolors<-rgb(mycramp(p.values),maxColorValue = 255)

### plot without the adjusted colorbar
library(plotly)
### Without colorbar adjustment
  plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

  ### The colorbar-adjustment kicks out the original colors of the scatter points. Either you plot them over
  plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform) %>%
  colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value",inherit=FALSE) %>%
      add_trace(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
            showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors),inherit=FALSE) %>%
    layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

  ### or you try to set the colorbar before the plot. This results in some warnings
  plot_ly() %>%
  colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value",inherit=FALSE) %>%
      add_trace(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

奇怪的是，第一点如此难以解决并导致如此大的代码括号，因为通常plotly很好地支持管道逻辑，并且您会得到一个非常可读的代码，其中包含所有add-功能。

我预计，例如，一些add_errorbar-function，但显然你必须在plot_ly- 错误的函数和颜色向量仅在使用时才有效split-功能。如果有人想对此发表评论或发布具有更可读代码的替代答案，那会很有趣。