如何从 GLM 输出中获取概率

2023-12-02

我现在非常困惑,因为我试图找出如何计算我的概率glmR 中的输出。我知道数据非常微不足道,但我真的很想知道如何从这样的输出中获取概率。我本来想尝试一下inv.logit()但不知道括号内要放什么变量。

数据来自占用研究。我正在评估毛发陷阱法与相机陷阱法在检测 3 个物种(红松鼠、松貂和入侵性灰松鼠)方面的成功率。我想看看是什么影响了各种物种的检测(或未检测)。一种假设是,在该地点检测到另一种焦点物种会影响红松鼠的可检测性。鉴于松貂是红松鼠的捕食者,而灰松鼠是竞争对手,因此这两个物种在一个地点的存在可能会影响红松鼠的可检测性。

这能显示概率吗?inv.logit(-1.14 - 0.1322 * nonRS events)

 glm(formula = RS_sticky ~ NonRSevents_before1stRS, family = binomial(link = "logit"), data = data)
Deviance Residuals: 
    Min       1Q   Median       3Q      Max  
-0.7432  -0.7432  -0.7222  -0.3739   2.0361  
Coefficients:
                    Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)  
(Intercept)              -1.1455     0.4677  -2.449   0.0143 *
NonRSevents_before1stRS  -0.1322     0.1658  -0.797   0.4255  
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
   (Dispersion parameter for binomial family taken to be 1)
Null deviance: 34.575  on 33  degrees of freedom
   Residual deviance: 33.736  on 32  degrees of freedom
  (1 observation deleted due to missingness)
   AIC: 37.736
  Number of Fisher Scoring iterations: 5*

如果您想要预测一组指定的预测变量值的响应概率:

pframe <- data.frame(NonRSevents_before1stRS=4)
predict(fitted_model, newdata=pframe, type="response")

where fitted_model是你的结果glm()fit,您将其存储在变量中。您可能不熟悉 R 的统计分析方法,即将拟合模型存储为对象/变量,然后对其应用不同的方法(summary(), plot(), predict(), residuals(), ...)

  • 这显然只是一个虚构的例子:我不知道 4 是否是一个合理的值NonRSevents_before1stRS多变的)
  • 您可以指定更多不同的值来同时进行预测(data.frame(NonRSevents_before1stRS=c(4,5,6,7,8)))
  • 如果您有多个预测变量,则必须为每个预测的每个预测变量指定一些值,例如data.frame(x=4:8,y=mean(orig_data$y), ...)

如果您想要原始数据集中观测值的预测概率,只需predict(fitted_model, type="response")

你是对的inv.logit()(来自一堆不同的软件包,不知道您正在使用哪个)或plogis()(从基础 R,本质上相同)将从 logit 或 log-odds 尺度转换为概率尺度,所以

plogis(predict(fitted_model))

也可以工作(predict默认情况下提供对链接函数 [在本例中为 logit/log-odds] 规模的预测)。

本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

如何从 GLM 输出中获取概率 的相关文章

  • RStudio 在临时目录中从 Rmarkdown 创建 PDF 文件

    我使用 RStudio 和 Rmarkdown 来创建报告 由于某种原因 使用 Knit 按钮会导致它仅在某个临时目录中创建 从命令输出来看 似乎 pandoc 本身被指示这样做 我觉得这很奇怪 usr lib rstudio bin pa
  • 将 data.frame 的列中的值替换为另一个 data.frame 中的值

    我的情况是 我有一个数据框 其中有一列填充了整数 1 到 6 我想用更具描述性的标签替换这些整数 这些标签在另一个充当 键 的数据框中提供 V1 V2 1 1 LABEL1 2 2 LABEL2 3 3 LABEL3 4 4 LABEL4
  • r : 直方图上的 ECDF

    在 R 中 与ecdf我可以绘制经验累积分布函数 plot ecdf mydata 与hist我可以绘制数据的直方图 hist mydata 如何在同一图中绘制直方图和 ecdf EDIT 我尝试做类似的东西 https mathemati
  • R:变换不规则时间字符串

    我有两个不同的时间序列 来自不同的数据帧 具有不同的不规则格式 但问题是相同的 我只想提取小时 分钟 秒和毫秒 时代系列看起来像这样 ts1 08 27 23 445 08 27 24 280 08 27 25 115 I tried st
  • Shiny 中的模态对话框:可以调整宽度但不能调整高度

    在我的 Shiny 应用程序中 我有几个来自闪亮BS 包的模式窗口 我可以像这样调整这些模式窗口的宽度 tags head tags style HTML modal lg width 1200px abs 1 background col
  • 来自 data.frame 每一列的随机样本

    我想从 a 的每一行中抽取随机样本data frame独立于其他行 这是一个例子 此代码为每行选择相同的列 但我需要为每行独立选择列 library plyr set seed 12345 df1 lt mdply data frame m
  • 尽管提供了群落矩阵,纯素食 DBRDA 物种得分为空

    我使用纯素社区生态包在 R 中执行了 基于距离的冗余分析 dbRDA 我想在 dbRDA 结果的排序图中显示 鱼类 营养群体对样本之间差异 营养级鱼类组合的丰度数据 的相对贡献 IE 将箭头和营养级组名称叠加到排序图上 其中箭头线的长度表示
  • 如何从 data.frame 中选择行和列的子集

    我有这个 d d Age gt 2 它返回 Age 超过 2 的所有行 但我只想返回几列中的值 例如 d X 和 d Y 而不是全部 无论如何我可以做到这一点吗 Thanks d d Age gt 2 c X Y
  • 在 R 中读取 Stata 13 文件

    有没有办法在 R 中读取 Stata 版本 13 数据集文件 我尝试执行以下操作 gt library foreign gt data read dta TEAdataSTATA dta 但是 我收到一个错误 read dta TEAdat
  • glm() 模型的交叉验证

    我正在尝试对我之前在 R 中构建的一些 glm 模型进行 10 倍交叉验证 我对cv glm 函数在boot包 尽管我已经阅读了很多帮助文件 当我提供以下公式时 library boot cv glm data glmfit K 10 这里
  • 仅在具有重复块名称的另一个 Rmarkdown 文档中运行一个 Rmarkdown 文档中的代码

    我正在 Rmarkdown 中编写一系列相互补充的报告 我想将上一份报告的结果纳入我目前正在编写的报告中 我看到其他建议使用的问题purl从 Rmarkdown 文档中提取 R 代码然后运行它 所以我尝试了以下操作 r read previ
  • 如何判断某个软件包是否已经安装?

    当我安装 yaml 包时 如果之前已经安装过 RStudio 则会弹出一条烦人的错误消息 如何判断该软件包是否已安装 以便我可以在代码中决定是否安装该软件包 该消息位于弹出窗口中 内容如下 此安装将更新的一个或多个软件包 当前已加载 在更新
  • mclapply 用户时间大于已用时间

    我正在尝试使用mclapply的功能parallel封装在R 该函数通过计算对数似然距离将值分配给序列矩阵 这是一个 CPU 密集型操作 所结果的system time价值观令人困惑 gt system time mclapply work
  • 在ggplot2中创建部分虚线

    我正在 R 中创建一个图 并且需要创建一条线 其中某些值是投影 投影用虚线表示 这是代码 df data frame date c rep 2008 2013 by 1 value c 303 407 538 696 881 1094 gg
  • 在捕食者-被捕食者系统的生态建模中正确使用 deSolve

    我有一个捕食者 被捕食者模型 其中包含指定的参数和初始值 我在这里用两种方法求解微分方程 1 使用 for 循环 2 使用 deSolve 包 我相信 for 循环是正确的 并且应该给出如下图所示的输出 For loop attempt r
  • R 中带有边缘箱线图的直方图

    如何使直方图中的 X 轴与边缘箱线图匹配 data lt rnorm 1000 nf lt layout mat matrix c 1 2 2 1 byrow TRUE height c 1 3 layout show nf par mar
  • 使用亚毫秒日期时间从字符->POSIXct->字符准确转换

    我的文件中有一个字符日期时间列 我加载文件 到data table 并执行需要将列转换为的操作POSIXct 然后我需要写POSIXct值返回文件 但日期时间不会相同 因为打印不正确 这个打印 格式问题是众所周知的 并且已经被讨论过多次 我
  • 如何优化 R 中的 sapply 来计算数据帧上的运行总计

    我在 R 中编写了一个函数来按月份计算累积总数 但随着数据集变大 我的方法的执行时间呈指数增长 我是一名 R 程序员新手 你能帮我提高效率吗 该函数以及我调用该函数的方式 accumulate lt function recordnum d
  • 创建序列组合

    我正在尝试解决以下问题 考虑 5 个简单序列 0 100 100 0 rep 0 101 rep 50 101 rep 100 101 我需要 3 个数字变量的集合 它们的所有组合都具有上述序列 由于有 5 个序列和 3 个变量 因此可以有
  • 在 Linux 下更改 RStudio 用户界面(不是图形等)中的字体大小

    This is not关于更改使用 RStudio 生成的图表中的字体大小的问题 我已经知道该怎么做了 我在配备 视网膜 显示屏的 MacBook Pro 上的 Linux 下使用 RStudio 我使用 KDE 作为我的窗口管理器 我可以

随机推荐

  • iOS 11 中 UILabel 错误换行

    我在使用没有自动布局的 XIB 的应用程序时遇到问题 我不知道这是否是重要信息 我有使用自动换行的 2 行 UILabel 在 iOS 10 中 自动换行工作正常 第一行包含一个单词 特殊字符 例如 符号 例子 然后 在 iOS 11 上
  • 如何从 git stash 中提取单个文件(或对文件的更改)?

    是否可以从 git 存储中提取单个文件或文件的差异 而不弹出存储更改集 On the git 存储您可以在联机帮助页中阅读 在 讨论 部分中 选项 描述之后 存储表示为提交 其树记录了提交的状态 工作目录 其第一个父目录是 HEAD 处的提
  • 在“appdata”文件夹内搜索文件夹

    在创建文件夹之前尝试检查 appdata 文件夹中是否存在文件夹 因此我确实使用以下代码获取 file list GTLQueryDrive folderExistsQuery GTLQueryDrive queryForFilesList
  • 如何从R中不规则长度的行尾取出一组数字?

    我需要从长度不规则的行中选取一些数字 如下所示 AAAAAAAAA 250 00 BBB 240 00 CCCCCCC 13 00 我需要捕获 250 00 240 00 和 13 00 但由于数字和字符串都是不规则的 我不能使用 subs
  • 如何在android的内部/外部存储中保存解析的文本文件

    目前我正在从事的项目需要解析远程文本文件并将其存储在本地存储 内部 外部 中 我能够解析文本文件 但无法将其存储在 SDCARD 中 这是我的代码 package com exercise AndroidInternetTxt import
  • PHP 创建文件夹(如果不存在)

    我正在创建一个中等大小的应用程序 该应用程序由很多产品组成 现在这些产品有很多图片 一件产品可以有 5 6 张图片 为了尝试进行某种排序 我想为每个产品创建一个文件夹 该文件夹包含与该产品绑定的所有图像 现在到目前为止我已经尝试过以下操作
  • 如何使用 django 让用户在同一页面上登录和注册

    目前我有一个用户登录页面和一个用户注册页面 如何将这两个页面放在一个页面上 基本 html block head endblock block body endblock 注册 html extends core base html blo
  • 无法解析 Angular-ionic 项目的依赖关系树

    节点版本 v16 3 0ng版本 12 1 0 致力于 Angular ionic 5 项目 While performing npm install getting below error 2 Tried performing npm i
  • 慢速网络中的大型 RabbitMQ 消息

    我正在将 RabbitMQ 与 Spring AMQP 一起使用 大消息 gt 100MB 102400KB 小带宽 低心跳间隔 10 秒 单一经纪人 消耗该消息需要 gt 200 8 秒 这超过了我的心跳间隔 从https stackov
  • Struts2 迭代器标签 - 从对象列表访问特定对象值

    有没有办法从对象列表中访问特定对象的属性 我有一个实验室列表 每个实验室对象都有多个属性 使用标签 我们可以从实验室列表中访问Lab1对象的attribute1的值吗 比方说 我的一个Lab对象有一个属性称为labname值为 BP 另一个
  • 如何访问 Office 插件中的后台复选框值?

    我有一个布尔属性Settings Default MarkAsRead在Setting settings 文件中 我可以在我的Ribbon 类中访问该文件 我想要做的是根据此属性的值设置后台部分中复选框的值 另外 如果用户修改它 我需要保存
  • 错误:非法指令(核心转储)-tensorflow==2.1.0

    我使用以下命令在我的 ubuntu Lenovo 110 Ideapad 笔记本电脑 python 中导入tensorflow tfx test chandni mxnet Chandni TFX python Python 3 6 9 d
  • 确定哪个键盘正在发送击键

    我的机器上连接了 2 个键盘 一个在 PS 2 上 另一个在 USB 上 在 C 中 如何确定哪个键盘正在发送击键 这是一个示例 非常脏的代码 展示了如何使用 NET 中的 Windows 输入挂钩 与代码片段编译器配合使用效果最佳 gt
  • onSaveInstanceState 不起作用

    我知道这个问题已经被问了很多次 但我不明白为什么 onSaveInstanceState 不适合我 这可能是一些愚蠢的事情 但我希望你们中的一些人可以在这里帮助我 无论如何 这是我的代码 public class Main extends
  • Eclipse WebLogic 调试

    我知道您只需单击 Eclipse 中的调试图标即可进行调试 是否可以从命令行启动 WebLogic 并进行调试并继续进行调试 当我这样做时 在服务器下的 Eclipse 中 我看到状态是 已启动 而不是 调试 难道只能通过设置远程调试来实现
  • 为什么当 bash 被称为 sh 时,它的行为会有所不同?

    我有一台 ubuntu 机器 默认 shell 设置为 bash 并且可以通过两种方式访问 PATH 中的二进制文件 which bash bin bash which sh bin sh ll bin sh lrwxrwxrwx 1 ro
  • 如何比较GDKEvent时间戳与当前时间?

    如何在c 中使用GDKEvent的时间戳 例如 我将其打印为 unsigned int 其值为 4194719109 但当前时间是 1395764110 这是从 time h 的 time 获取的 g get real time 的当前时间
  • 如何部署SQL Server Compact Edition 4.0?

    我如何部署微软 SQL Server Compact 4 0 SQL Server Compact Edition 当前版本为 4 0 是 一个免费的嵌入式数据库 软件开发人员可以使用它来构建 Windows 桌面应用程序 它占用空间小 并
  • 在文本区域中搜索单词

    我正在构建一个自定义的find and replace在java中 我浏览一个文本文件并将内容加载到文本区域中 现在我有一个文本框 我在其中输入需要搜索的文本 搜索文本的最佳方式是什么 我知道一种使用方法string indexOf 但我还
  • 如何从 GLM 输出中获取概率

    我现在非常困惑 因为我试图找出如何计算我的概率glmR 中的输出 我知道数据非常微不足道 但我真的很想知道如何从这样的输出中获取概率 我本来想尝试一下inv logit 但不知道括号内要放什么变量 数据来自占用研究 我正在评估毛发陷阱法与相