通过 Nibabel 加载 Nifti 并使用形状函数

我有一个 nifti 文件1.nii.gz

现在，我从来没有处理过 nifti 文件.

因此，只需使用该软件打开它，我就意识到 nii.gz 是一种容器，其中包含3 个二维图片数组。事实上，如果我滚动鼠标，我可以看到图片中标记为 1 的“方向”的 448 个 2d 图片、“方向”2 的 448 个 2d 图片和“方向”3 的 25 个 2d 图片。

之后，我打开 shell，尝试将 nii.gz 与 Nibabel 库一起使用

import nibabel as nib
img = nib.load(1.nii.gz)

但是，如果我输入

img.shape

我得到 (448,448,25) 结果，所以看起来这个 .nii.gz 是一个 3d 矩阵，而不是一个包含 3 个 2d 图片数组的容器。你能解释一下吗？

Nifti是一种医学图像格式，用于存储图像和伴随数据，图像通常是灰度的，并且它们被视为切片，每个切片具有不同的身体横截面。

他们将所有切片存储在同一个数组中，有时他们在不同的时间取切片，所以有时他们会添加第四个维度到数组。

因此，要显示图像或操作它们，您可以对它们进行切片并查看内部的图像。

在您的情况下，数据的形状 (448,448,25) 表明：

有25尺寸为 448 x 448 的图像（切片）

import nibabel as nib
import matplotlib.pyplot as plt

# Change the path to your path
path = 'path to img.nii.gz'
Nifti_img  = nib.load(path)
nii_data = my_img.get_fdata()
nii_aff  = my_img.affine
nii_hdr  = my_img.header
print(nii_aff ,'\n',nii_hdr)
print(nii_data.shape)
if(len(nii_data.shape)==3):
   for slice_Number in range(nii_data.shape[2]):
       plt.imshow(nii_data[:,:,slice_Number ])
       plt.show()
if(len(nii_data.shape)==4):
   for frame in range(nii_data.shape[3]):
       for slice_Number in range(nii_data.shape[2]):
           plt.imshow(nii_data[:,:,slice_Number,frame])
           plt.show()