我在 Perl 中做了很多数据分析，并尝试使用 pandas、numpy、matplotlib 等在 python 中复制这项工作。
一般工作流程如下：
1）glob目录中的所有文件
2）解析文件，因为它们有元数据
3）使用正则表达式来隔离给定文件中的相关行（它们通常以“LOOPS”等标签开头）
4）分割与标签匹配的行并将数据加载到哈希中
5）做一些数据分析
6）绘制一些图
以下是我通常在 Perl 中执行的示例：
print"Reading File:\n"; # gets data
foreach my $vol ($SmallV, $LargeV) {
my $base_name = "${NF}flav_${vol}/BlockedWflow_low_${vol}_[0-9].[0-9]_-0.25_$Mass{$vol}.";
my @files = <$base_name*>; # globs for file names
foreach my $f (@files) { # loops through matching files
print"... $f\n";
my @split = split(/_/, $f);
my $beta = $split[4];
if (!grep{$_ eq $beta} @{$Beta{$vol}}) { # constructs Beta hash
push(@{$Beta{$vol}}, $split[4]);
}
open(IN, "<", "$f") or die "cannot open < $f: $!"; # reads in the file
chomp(my @in = <IN>);
close IN;
my @lines = grep{$_=~/^LOOPS/} @in; # greps for lines with the header LOOPS
foreach my $l (@lines) { # loops through matched lines
my @split = split(/\s+/, $l); # splits matched lines
push(@{$val{$vol}{$beta}{$split[1]}{$split[2]}{$split[4]}}, $split[6]);# reads data into hash
if (!grep{$_ eq $split[1]} @smearingt) {# fills the smearing time array
push(@smearingt, $split[1]);
}
if (!grep{$_ eq $split[4]} @{$block{$vol}}) {# fills the number of blockings
push(@{$block{$vol}}, $split[4]);
}
}
}
foreach my $beta (@{$Beta{$vol}}) {
foreach my $loop (0,1,2,3,4) { # loops over observables
foreach my $b (@{$block{$vol}}) { # beta values
foreach my $t (@smearingt) { # and smearing times
$avg{$vol}{$beta}{$t}{$loop}{$b} = stat_mod::avg(@{$val{$vol}{$beta}{$t}{$loop}{$b}}); # to find statistics
$err{$vol}{$beta}{$t}{$loop}{$b} = stat_mod::stdev(@{$val{$vol}{$beta}{$t}{$loop}{$b}});
}
}
}
}
}
print"File Read in Complete!\n";
我希望将此数据加载到分层索引数据结构中，其中 perl 哈希的索引成为我的 python 数据结构的索引。到目前为止，我遇到的 pandas 数据结构的每个示例都经过精心设计，其中整个结构（索引和值）都是在一个命令中手动分配的，然后进行操作以演示数据结构的所有功能。不幸的是，我无法一次分配所有数据，因为我不知道要分析的数据中有哪些质量、β、大小等。我这样做的方式不对吗？有谁知道更好的方法吗？数据文件是不可变的，我必须使用我了解如何做的正则表达式来解析它们。我需要帮助是将数据放入适当的数据结构中，以便我可以取平均值、标准差、执行数学运算并绘制数据图。
典型数据的标题行数未知，但我关心的内容如下所示：
Alpha 0.5 0.5 0.4
Alpha 0.5 0.5 0.4
LOOPS 0 0 0 2 0.5 1.7800178
LOOPS 0 1 0 2 0.5 0.84488326
LOOPS 0 2 0 2 0.5 0.98365135
LOOPS 0 3 0 2 0.5 1.1638834
LOOPS 0 4 0 2 0.5 1.0438407
LOOPS 0 5 0 2 0.5 0.19081102
POLYA NHYP 0 2 0.5 -0.0200002 0.119196 -0.0788721 -0.170488
BLOCKING COMPLETED
Blocking time 1.474 seconds
WFLOW 0.01 1.57689 2.30146 0.000230146 0.000230146 0.00170773 -0.0336667
WFLOW 0.02 1.66552 2.28275 0.000913101 0.00136591 0.00640552 -0.0271222
WFLOW 0.03 1.75 2.25841 0.00203257 0.00335839 0.0135 -0.0205722
WFLOW 0.04 1.83017 2.22891 0.00356625 0.00613473 0.0224607 -0.0141664
WFLOW 0.05 1.90594 2.19478 0.00548695 0.00960351 0.0328218 -0.00803792
WFLOW 0.06 1.9773 2.15659 0.00776372 0.0136606 0.0441807 -0.00229793
WFLOW 0.07 2.0443 2.1149 0.010363 0.018195 0.0561953 0.00296648
我（认为）我想要的，我用 think 作为序言，因为我是 python 新手，专家可能知道更好的数据结构，是一个分层索引系列，如下所示：
volume mass beta observable t value
1224 0.0 5.6 0 0 1.234
1 1.490
2 1.222
1 0 1.234
1 1.234
2448 0.0 5.7 0 1 1.234
等等：http://pandas.pydata.org/pandas-docs/dev/indexing.html#indexing-hierarchical
对于那些不了解 perl 的人：
我需要的主要内容是：
push(@{$val{$vol}{$beta}{$split[1]}{$split[2]}{$split[4]}}, $split[6]);# reads data into hash
我这里有一个名为“val”的哈希值。这是数组的哈希值。我相信用Python语言来说这将是一个列表字典。这里的每件事看起来都是这样的： '{$something}' 是散列 'val' 中的键，我将变量 $split[6] 中存储的值附加到指定散列元素的数组末尾通过所有 5 个键。这是我的数据的根本问题，因为我感兴趣的每个数量都有很多键。
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UPDATE
我想出了以下导致此错误的代码：
Traceback (most recent call last):
File "wflow_2lattice_matching.py", line 39, in <module>
index = MultiIndex.from_tuples(zipped, names=['volume', 'beta', 'montecarlo_time, smearing_time'])
NameError: name 'MultiIndex' is not defined
Code:
#!/usr/bin/python
from pandas import Series, DataFrame
import pandas as pd
import glob
import re
import numpy
flavor = 4
mass = 0.0
vol = []
b = []
m_t = []
w_t = []
val = []
#tup_vol = (1224, 1632, 2448)
tup_vol = 1224, 1632
for v in tup_vol:
filelist = glob.glob(str(flavor)+'flav_'+str(v)+'/BlockedWflow_low_'+str(v)+'_*_0.0.*')
for filename in filelist:
print 'Reading filename: '+filename
f = open(filename, 'r')
junk, start, vv, beta, junk, mass, mont_t = re.split('_', filename)
ftext = f.readlines()
for line in ftext:
if re.match('^WFLOW.*', line):
line=line.strip()
junk, smear_t, junk, junk, wilson_flow, junk, junk, junk = re.split('\s+', line)
vol.append(v)
b.append(beta)
m_t.append(mont_t)
w_t.append(smear_t)
val.append(wilson_flow)
zipped = zip(vol, beta, m_t, w_t)
index = MultiIndex.from_tuples(zipped, names=['volume', 'beta', 'montecarlo_time, smearing_time'])
data = Series(val, index=index)
