使用 system() 命令运行多个 R 脚本

我在 Windows 7 中运行 RStudio。我编写了一个主脚本，该脚本生成 57 个新的 R 脚本，每个脚本都包含根据两个参数运行函数的命令：

vector1 <- c(1:19)
vector2 <- c(1:3)

首先，主脚本使用两个 for 循环（一个使用索引“abc”forvector1，一个使用索引“def”vector2）以在我的工作目录中生成采用以下文件名约定的 57 个脚本：

run_inference_<<vector1[abc]>>_<<vector2[def]>>.R

该部分成功运行 - 57 个脚本中的每一个都是使用正确的命令生成的。我的工作目录现在包含文件运行_inference_1_1.R, 运行_inference_1_2.R, etc.

我想做的最后一件事是同时运行我的 master 的所有 57 个脚本。我在 for 循环中尝试了以下操作：

system(paste0("Rscript run_inference_",abc, "_", def, ".R"),wait = F)

这是行不通的。但是，如果我打开 57 个生成的脚本之一并运行它，那么我会从该脚本中获得所需的结果。这告诉我问题出在我编写的 system() 命令内。

57 个脚本中的每一个都不会是计算密集型的（目前），我现在要做的测试在我的 PC 上应该需要 2 分钟。请问如何编辑我的 system() 命令以同时执行所有 57 个脚本？

你不通过调用来做到这一点system一旦使用大脚本，除非您正在运行的程序知道如何并行化脚本本身。您可以通过调用来做到这一点system来自不同 R 进程的多次。

scripts <- paste0("Rscript run_inference_", abc, "_", def, ".R")

# make lots of R processes, assuming the script to be called won't eat CPU
cl <- parallel::makeCluster(30)

parallel::parLapply(cl, scripts, function(script) system(script))
parallel::stopCluster(cl)