为了实现您的目标并且由于您已经在使用packaged归因于true（稍后解释），您可以简单地将目录添加到下面的路径中。
保持相同的配置，增加一个include元素如下：
<fileSets>
<fileSet filtered="true" packaged="true" encoding="UTF-8" >
<directory>src/main/java</directory>
<includes>
<include>**/*.java</include>
</includes>
</fileSet>
</fileSets>
然后你可以放在下面src/main/java/mypackage你的 Java 源代码模板化的其中包声明如下：
package ${package}.mypackage
请注意.mypackage准确地反映了mypackage直接下的文件夹src/main/java。但是，在创建原型时，Maven 将作为文件夹（以及包）放置在 ${package} 属性值之间，默认情况下为 ${groupId}。
您随时可以通过-Dpackage属性并覆盖它的默认值（groupId)，然后将根据上面的模板用作包的前缀。
发生这种情况的原因是packaged属性设置为true in the fileSet上面的部分。在这种情况下true意思是：向其中添加由指定的文件夹层次结构${package}财产。将其设置为false会导致${package}忽略，如果您确实想对文件夹结构进行硬编码并明显地将其反映到package声明您的 Java 代码，以保持一致性。
上述行为在官方文档中有记录有关原型的元数据是如何存储的？ http://maven.apache.org/archetype/maven-archetype-plugin/specification/archetype-metadata.html:
原型定义了一个文件集：
- 文件集将包含所有文件
archetype-resources/src/main/java匹配的**/*.java pattern
- 所选文件将使用 Velocity 引擎生成（
filtered=true)
- 文件将生成在
src/main/java生成的项目的目录与 JAR 文件中的目录位于同一目录中，但该目录前面带有package财产。
并且：
文件集可以是packaged，这意味着所选文件将在包属性前面的目录结构中生成/复制。它们可以是非打包的，这意味着将在没有前缀的情况下生成/复制所选文件。
相同的细节（关于packaged属性）也可以在官方找到原型描述模型 http://maven.apache.org/archetype/archetype-models/archetype-descriptor/archetype-descriptor.html.
另一种可能的解决方案是使用附加属性或定义您的package属性值直接在archetype-metadata.xml文件如下：
<archetype-descriptor
xmlns="http://maven.apache.org/plugins/maven-archetype-plugin/archetype-descriptor/1.0.0"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/plugins/maven-archetype-plugin/archetype-descriptor/1.0.0 http://maven.apache.org/xsd/archetype-descriptor-1.0.0.xsd">
<fileSets>
<fileSet filtered="true" packaged="true" encoding="UTF-8">
<directory>src/main/java</directory>
</fileSet>
</fileSets>
<requiredProperties>
<requiredProperty key="package">
<defaultValue>${groupId}.${artifactId}.mypackage</defaultValue>
</requiredProperty>
</requiredProperties>
</archetype-descriptor>
注意新的requiredProperties部分：这里我们设置默认值package属性，不再需要在运行时提供它（但可以覆盖上面的值）。
因此，下面的 Java 源模板src/main/java（不需要进一步的静态文件夹）就是：
package ${package}
在创作过程中（archetype:generate) 然后 Maven 将使用com.sample.something.mypackage作为包值（在 Java 源文件中）并填充packageInPathFormat具有价值的财产com/sample/something/mypackage（相同的属性，但采用路径格式）并创建所需的包层次结构，与 Java 源代码期望放置的内容一致。
