在 IDE 中运行距离发布和运行还有很长的路要走；-)
你的问题很笼统，所以我的回答也很笼统，但涵盖了基本方法。
关键是考虑在全新的台式电脑上运行 hello world 应用程序需要什么 - 您需要安装 Java，创建一个文件夹来包含您的应用程序和一些运行该程序的脚本，然后将您的 jar 复制到新的台式电脑并运行这些脚本。这在服务器上没有什么不同，只是您可能会使用第 3 方库，并且可能会安装的不仅仅是 Java。
在我们了解更多细节之前，首先，构建、发布和部署领域的术语往往严重超载。为了澄清一下，在下面的答案中我的意思如下：
- 工件 - 项目生成的 jar、war、zip、包等。
- 发布 - 构建代码以创建工件并部署它。
- 部署 - 将工件上传到存储库。
- 安装 - 从存储库中获取工件并将其放在服务器上以便可以运行。
我假设您是从头开始并在专业环境中工作。
首先要做的就是准备您的服务器。就像您在桌面上所做的那样，您将需要安装一些软件 - 如果您正在构建 Web 应用程序，则至少需要安装 Java 和 MySQL 以及 Servlet 容器（例如 Tomcat）。您有两种选择，要么手动进行这些安装，要么使用类似的工具Puppet http://info.puppetlabs.com自动化它们 - 我建议后者，因为一旦设置完毕，您可以在几分钟而不是几天内构建服务器。
然后您将需要某种独立于 IDE 的构建过程。当前流行的工具是Maven http://maven.apache.org/ or Gradle http://www.gradle.org/。构建的目的是生成一个工件，其中包含必须添加到服务器才能安装应用程序的所有内容。对于独立应用程序，这可能是一个 zip，其中需要相当于一个磁盘映像（jar、配置、启动/停止脚本）；对于 Web 应用程序，这可能是一个 war，其中是网络应用程序的标准部署结构。
接下来，您将需要对应用程序和数据库脚本进行某种发布过程。我最熟悉的是 Maven，它能够创建 jar、war、专有的 zip 或包，并且通过使用它的发布插件 http://maven.apache.org/maven-release/maven-release-plugin/，执行所有更新、VCS 标记和部署（到存储库中，例如Nexus http://www.sonatype.org/nexus/）需要执行发布。数据库有点棘手，通常由将应用数据库更改的 DBA 指定 - 通常您最终会得到创建和修改数据库所需的脚本以及以正确顺序运行这些脚本的主脚本。将它们放入压缩包中并放入存储库中以便安全保存。
发布后，您需要某种方法从存储库中获取工件并将它们安装到服务器上。显然这可以手动或使用脚本完成，但我再次建议使用Puppet http://info.puppetlabs.com，至少对于针对服务器的工件而言。使用数据库脚本，虽然这也可以自动化，但更常见的是连接到数据库并使用数据库控制台手动应用脚本（不要忘记在安装新版本之前备份代码和数据库）。
最后你可以启动你的系统了。
