错误:点太少,无法用 3 个点计算椭圆? -R

2024-03-01

日安。 我正在策划一个pcafactoextra包裹。我对每个因素有 3 分,并且想在每个因素周围画上椭圆。但我收到错误Too few points to calculate an ellipse.

可以在 3 个点周围绘制椭圆ggplot2stat_ellipse功能。我可以通过查看来确认这一点calculate_ellipse code https://github.com/tidyverse/ggplot2/blob/master/R/stat-ellipse.R from ggplot2说的是else if (dfd < 3) {message("Too few points to calculate an ellipse")。那么什么是椭圆函数factoextra使用于fviz_pca_ind它认为 3 分太少了吗?有没有办法强制它添加省略号?该软件包具有我需要的特定功能,因此我想坚持使用它。谢谢。

library(factoextra)

data(iris)

iris2<-iris[c(1:3,51:53,101:103),] # 3 points for each factor

res.pca <- prcomp(iris2[, -5],  scale = TRUE)

fviz_pca_ind(res.pca, label='none',alpha.ind = 1,
             habillage=iris2$Species,
             repel = TRUE, 
             addEllipses = TRUE,invisible='quali')+
  theme(legend.position = 'bottom')+
  coord_equal()

#Too few points to calculate an ellipse
#Too few points to calculate an ellipse
#Too few points to calculate an ellipse

我也遇到过同样的问题。解决方案是使用geom_mark_ellipse from ggforce https://ggforce.data-imaginist.com包裹。可以在 3 个点(甚至 1 个点)周围创建一个椭圆。

因此,工作流程应如下所示:

library(factoextra)
library(ggforce)

data(iris)

iris2<-iris[c(1:3,51:53,101:103),] # 3 points for each factor

res.pca <- prcomp(iris2[, -5],  scale = TRUE)

fviz_pca_ind(res.pca, label='none',alpha.ind = 1,
             habillage=iris2$Species,
             repel = TRUE, 
             # Don't use default Ellipses!!!!
             # addEllipses = TRUE,
             invisible='quali') +
  # ADD ggforce's ellipses
  ggforce::geom_mark_ellipse(aes(fill = Groups,
                        color = Groups)) +
  theme(legend.position = 'bottom') +
  coord_equal()
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