为什么 roxygen2 不会自动更新描述文件中的“导入”?

2024-03-09

我正在努力密切关注@hadley'sbook http://r-pkgs.had.co.nz/学习编写 R 包的最佳实践。我很高兴读到这些关于哲学 http://r-pkgs.had.co.nz/intro.html本书内容:

任何可以自动化的事情都应该自动化。尽可能少做 可能用手。尽可能多地利用函数。

因此,当我阅读有关依赖关系以及 NAMESPACE 文件中的导入指令与描述文件中的“Imports:”字段之间的(某种)令人困惑的差异时,我希望roxygen2会自动处理它们。毕竟 http://r-pkgs.had.co.nz/namespace.html

NAMESPACE 中提到的每个包也必须存在于 导入或依赖字段。

我本来希望roxygen2将获取我的函数中的每个@import,并确保它包含在描述文件中。但它不会自动执行此操作。

所以我要么必须手动将其添加到说明文件中,要么几乎手动使用devtools::use_package.

环顾四周寻找答案,我发现了这个question https://stackoverflow.com/questions/8597993/does-roxygen2-automatically-write-namespace-directives-for-imports-packages在 SO 中,@hadley 在评论中确认

目前,命名空间roclet会修改NAMESPACE,但不会修改 描述

和其他帖子(例如here https://stackoverflow.com/questions/9538573/roxygen2-not-fully-updating-description-file or here http://v) where collate_roclet正在讨论,但是“仅当您的代码有副作用时,这才重要;最常见的原因是您使用的是 S4 http://r-pkgs.had.co.nz/description.html".

我想知道:

  • 描述不自动更新的原因(有点与上述哲学相矛盾,这可能是由roxygen2) and
  • 如果有人已经设计出一种方法来做到这一点

我为该任务编写了一个小 R 包:

https://github.com/markusdumke/pkghelper https://github.com/markusdumke/pkghelper

它扫描 R 代码和命名空间以查找正在使用的包,并将它们添加到Imports部分。

本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

为什么 roxygen2 不会自动更新描述文件中的“导入”? 的相关文章

  • gridExtra 2.0.0 更改标题大小

    我知道 gridExtra 已更新 因此 我想知道如何更改标题大小 这不再有效 grid arrange a b c d ncol 2 nrow 2 main textGrob Title gp gpar fontsize 15 font
  • R数据表:将行值与组值进行比较,有条件

    这是问题的延伸 R数据表 将行值与组值进行比较 https stackoverflow com questions 33285050 r data table compare row value to group values 我现在有了
  • 导入 mgcv 失败,因为找不到 Rlapack.dll

    我想通过使用链接到 IronPython 中的 R 统计包R NET http rdotnet codeplex com 图书馆 它一直工作得很好 但现在我需要使用 R 的mgcv http cran r project org web p
  • 当我创建新变量时出了什么问题?

    我想根据原始变量施加的条件创建一个新变量 比方说 原始变量 var 是由 1 20 中的随机样本组成的向量 并且 当原来的 var 大于10时 新变量 newvar 被设置为缺失 当 var 小于10时 新变量 newvar 被设置为等于
  • 无法安装bigrf包

    我在安装 bigrf R 软件包时遇到了一些极其令人沮丧的困难 我已经尝试过以下方法 install packages bigrf repo https github com aloysius lim bigrf git type sour
  • 添加不同 data.frame 中缺失的列并填充 0 [重复]

    这个问题在这里已经有答案了 我有以下情况 df1 a b c d 1 2 3 4 df2 a c 5 6 我想要的结果是 用 df1 中缺失的列填充第二个 data frame 并用零填充它们 所以结果应该是 df3 a b c d 5 0
  • 从 R 文本中提取网站链接

    我有多个文本 每个文本都可能包含对一个或多个网络链接的引用 例如 text1 s 1212a as www abcd com asasa11 我如何提取 www abcd com 来自 R 中的这段文字 换句话说 我希望提取以www并结束于
  • 根据 B 列中的一系列值获取 A 列的平均值

    我的数据框有几列 如下所示 df1 lt data frame A c 1 2 4 B c 1 3 1 C c 1 1 3 我有两个条件来获取 A 列的平均值 条件1 我想在B为1时获得A列的平均值 即只对row1和row2进行平均 条件2
  • 如何为每个条形图制作具有定义水平边框的堆叠条形图

    我有一些数据想以一种我不知道如何在条形图中显示的方式 希望你能帮我解决这个问题 我的表由 4 列组成 簇 0 6 IgG Status mild high mild low Severe High 患者 1 16 和值 每个簇的标准化值 这
  • 通过另一个函数将数据和列名称传递给 ggplot

    我将直接跳到一个示例并在后进行评论 cont lt data frame value c 1 20 variable c 1 20 1 20 1 5 1 20 2 group rep c 1 2 3 each 20 value variab
  • 如何在 R 中使用别名运行系统可执行文件?

    假设我正在 R 中运行系统命令来运行executable inputfile lt path myfile txt 我该如何更换 path myfile txt在下面的命令中inputfile如下面命令所示 system executabl
  • spplot 的图例范围和颜色分布问题

    我的绘图和图例中的颜色范围是否正确存在问题 这是我使用的代码 data ch4 lt read csv2 v42 CH4 1970 TOT txt skip 3 stringsAsFactors FALSE header F num dat
  • 在ggplot2中绘制大多边形地图的小区域

    我有一个 shapefile 我使用它在 ggplot2 中进行了强化和绘制geom polygon 我怎样才能只绘制这张地图的一小部分区域 我的完整地图看起来不错 但我的小区域很混乱 这是一个工作示例 这个小形状文件可以从以下位置获得 h
  • 如何绘制对数似然函数图

    我想绘制 pi 和 pi 之间的对数似然函数 对数似然函数 llh lt function teta x sum log 1 cos x teta 2 pi x c 3 91 4 85 2 28 4 06 3 70 4 04 5 46 3
  • 使用shinyjs通过javascript在闪亮的应用程序中操作现有的Leaflet地图

    我有一个闪亮的应用程序 其中包含现有的传单地图 我希望能够在渲染后使用自定义 javascript 通过shinyjs包裹 一个最小的例子如下 app R packages library dplyr library leaflet lib
  • 使用 by 参数连接 data.table

    我有两个数据表dx and dy dx lt data table a c 1 1 1 1 2 2 b 3 8 dy lt data table a c 1 1 2 c 7 9 我要参与dy到每一行dx 下面是所需的输出 data tabl
  • 基于列重复数据集中的行,但增加行[重复]

    这个问题在这里已经有答案了 我有一个数据集 其中包含项目名称 开始年份和合同期限 我需要将这个数据集开发成时间序列 例如 我的数据集中的一行是 项目 A 开始年份 2003 年 合同期限 5 我想根据合同期限重复每一行 我的数据集如下所示
  • magrittr 管道中的 WOE

    如何将下面的证据代码权重放入 magrittr 管道中 df gt 我尝试过的一切似乎都不起作用 df library Information library magrittr df a c aa bb cc aa aa aa bb cc
  • 提取模型摘要并将其存储为新列

    我是新来的purrr范例并正在努力解决它 根据一些来源 我已经设法嵌套一个数据框 在嵌套数据上运行线性模型 从每个 lm 中提取一些系数 并为每个 lm 生成摘要 我想做的最后一件事是从摘要中提取 r squared 我原以为这将是我想要实
  • 闪亮的本地部署错误:输入字符串 1 无效 UTF-8

    我很惊讶地发现一个突然的错误 我的 ShinyApp 停止工作并出现未知错误 提示 输入字符串 1 无效 UTF 8 即使在昨天 该应用程序也可以正常运行 但是突然停止了 下面是我运行时的错误描述runApp gt runApp Liste

随机推荐