R：Tibble 与 ggplot2（绘制图表）

我正在尝试遵循 R 中的教程（https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/ https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/）。我用于工作的计算机没有 USB 端口或互联网连接 - 它只安装了 R 并安装了一些库。我的工作计算机有“survival、ranger、ggplot2 和 dplyr”。然而，它没有“ggfortify”。我试图弄清楚如何在没有“ggfortify”的情况下绘制教程中的图表。这是我正在使用的代码：

  #load libraries
    library(survival)
    library(ranger)
    library(ggplot2)
    library(dplyr)
    
#load data
data(veteran)
head(veteran)

#Part 1 : works
# Kaplan Meier Survival Curve
km <- with(veteran, Surv(time, status))
km_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data=veteran)

#plot(km_fit, xlab="Days", main = 'Kaplan Meyer Plot') #base graphics is always ready

tibble(time = km_fit$time, surv = km_fit$surv, 
       min = km_fit$lower, max = km_fit$upper) %>% 
  ggplot(aes(x = time)) +
  geom_line(aes(y = surv)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)

但是，我无法让它工作：

#Part 2: does not work


km_trt_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ trt, data=veteran)



tibble(time = km_trt_fit$time, surv = km_trt_fit$surv, 
       min = km_trt_fit$lower, max = km_trt_fit$upper) %>% 
    ggplot(aes(x = time, group = factor(veteran$trt), colour = factor(veteran$trt), fill = factor(veteran$trt))) +
    geom_line(aes(y = surv)) +
    geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)


Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (114): group, colour and fill

或者这个工作：
#第 3 部分：不起作用

vet <- mutate(veteran, AG = ifelse((age < 60), "LT60", "OV60"),
              AG = factor(AG),
              trt = factor(trt,labels=c("standard","test")),
              prior = factor(prior,labels=c("N0","Yes")))

aa_fit <-aareg(Surv(time, status) ~ trt + celltype +
                 karno + diagtime + age + prior , 
                 data = vet)

tibble(time = aa_fit$time, surv = aa_fit$surv, 
       min = aa_fit$lower, max = aa_fit$upper) %>% 
  ggplot(aes(x = time)) +
  geom_line(aes(y = surv)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)

Error: geom_line requires the following missing aesthetics: y

有人可以帮我纠正这些吗？

谢谢 （上一篇文章：R：绘制图表（ggplot 与 autoplot） https://stackoverflow.com/questions/65033260/r-plotting-graphs-ggplot-vs-autoplot/65034886#65034886)

你将不得不做一些侦探工作！

我今天有时间学习第二部分。所以：事实证明，有关地层的信息包含在元素中km_trt_fit$strata。它看起来像这样：

km_trt_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ trt, data=veteran)

km_trt_fit$strata

#> trt=1 trt=2 
#>    61    53

这告诉你有 61 个元素trt=1和 53 个元素trt=2。我不知道为什么这些加起来不等于 137（行数）veteran）但我认为就是这样survfit()作品。这也是您收到错误的原因，因为生成的模型数据的行数与原始数据框的行数不同，您尝试使用veteran$trt.

我的解决方案：创建一个向量strata具有 61 和 53 个元素trt=1 and trt=2分别：

strata = km_trt_fit$strata
strata = rep(names(strata), times = strata)

将其包含在您的输入数据中：

tibble(time = km_trt_fit$time,
       surv = km_trt_fit$surv,
       min  = km_trt_fit$lower,
       max  = km_trt_fit$upper,
       trt  = factor(strata)) %>%
  ggplot(aes(x = time, colour = trt, fill = trt)) +
  geom_line(aes(y = surv)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)

结果与教程非常接近。

我对 ggfortify 不太熟悉，但它的工作可能是自动为你做类似的事情。如果没有它，您将必须研究模型函数生成的结构并像我上面那样手动提取数据。