考虑购买几个 Xeon Phi 5110P,但试图估计我需要更改多少代码或需要其他软件。
目前我充分利用R
在多核 Windows 机器(24 核)上使用foreach
包,传递给其他包forecast
, glmnet
等来进行我的并行处理。
拥有 Xeon Phi 我知道我想要编译R
https://software.intel.com/en-us/articles/running-r-with-support-for-intel-xeon-phi-coprocessors https://software.intel.com/en-us/articles/running-r-with-support-for-intel-xeon-phi-coprocessors据我所知,这可以通过 Parallel Studio XE 的试用版本来完成。
那么我是否需要编辑 R 的 Makeconf 文件,添加 C/C++ 标志和 Phi ?在 Parallel Studio 上的试用期到期之前编译所有需要的包?或者我不需要编辑 Makeconf 来获得以下好处foreach
在皮?
似乎其中一些问题将在 R 编译后自动处理,并由数学内核库 (MKL) 完成卸载,但我并不完全确定这一点。
有点相关的问题:如果没有昂贵的英特尔编译器,英特尔至强融核是否也可用? https://stackoverflow.com/questions/15614603/is-the-intel-xeon-phi-usable-without-a-costly-intel-compiler
Revolutionanalytics.com 似乎也有一些相关的博客文章,但对我来说并不完全是结论性的:http://blog.revolutionanalytics.com/2015/05/behold-the-power-of-parallel.html http://blog.revolutionanalytics.com/2015/05/behold-the-power-of-parallel.html
如果您需要的只是矩阵运算,您可以使用此处的 MKL 库进行编译:[Running R with Support for Intel® Xeon Phi™ Coprocessors][1],这需要 Intel Complier。 Microsoft R 是用 MKL 预编译的,但我无法使用自动卸载,我必须使用 Intel 编译器来编译 R 才能正常工作。
您可以使用试用版编译器并在试用期间编译它,看看它是否符合您的目的。
如果你想使用类似的东西foreach通过设置集群来打包,由于每个节点都是一台linux计算机,恐怕你运气不好。 [R-Admin][1] 第 3 页上写着
交叉构建是不可能的:安装 R 会构建 R 的最小版本,然后运行许多版本
R 脚本来完成构建。
您必须使用英特尔编译器从 xeon 主机对 xeon phi 节点进行交叉编译,这是不可行的。
利用 Phi 的最后一种方法是重写代码以直接调用它。 Rcpp 为 C 和 C++ 例程提供了一个简单的接口。如果您发现一个在 xeon 上运行良好的 C 例程,您可以在代码中调用这些节点。我已经使用 CUDA 完成了此操作,Rcpp 是一个薄层,并且有关于如何使用它的很好的示例,如果您将其与调用 phi 卡节点的示例结合起来,您可能可以以更少的开销实现您的目标。
但是,如果您需要的只是矩阵运算,那么没有比良好的双精度 nvidea 卡和在 R 启动期间预加载 nvBlas 更快的超级计算途径了。
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