表达式集子集化

2024-03-23

我有一个ExpressionSet我想要子集的对象。例如,

> str(ESet)
Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] ..
  ..@ assayData        :..         
  ..@ phenoData        :
  .. .. .. ..$ STATUS  : num [1:210] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ....

我想提取一个子集,其中STATUS==0。我试过了:

exprs(ESet@phenoData$STATUS==0)

但它不起作用。


你快到了。猜测你的数据结构,我认为以下应该有效:

exprs(ESet)[ESet@phenoData$STATUS==0,]

如果你看这个paper http://www.mas.ncl.ac.uk/~ncsg3/microarray/,有很多根据应变和时间对数据进行子设置的示例。我应该承认我是这篇论文的作者。

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