Jenkinsfile 中的 Anaconda

由于我们运行的测试越来越长，我认为从 Travis CI 切换到 Jenkins（在我的本地计算机上）是个好主意。设置 Jenkins 相对简单，但让我的 Jenkinsfile“工作”却不是那么简单。我正在尝试下载 miniconda -> 安装 miniconda -> 安装环境 -> 激活环境 -> 从该环境运行命令。这是我到目前为止得到的：

  environment {
    PATH = "$WORKSPACE/miniconda/bin:$PATH"
  }

  stages {
    stage('setup miniconda') {
        steps {
            sh '''#!/usr/bin/env bash
            wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh
            bash miniconda.sh -b -p $WORKSPACE/miniconda
            hash -r
            conda config --set always_yes yes --set changeps1 no
            conda update -q conda

            # Useful for debugging any issues with conda
            conda info -a
            conda config --add channels defaults
            conda config --add channels conda-forge
            conda config --add channels bioconda

            # create snakemake-workflows env
            conda init bash
            conda env create -f envs/snakemake-workflows.yaml
            '''
        }
    }
    stage('Test downloading') {
        steps {
            sh '''#!/usr/bin/env bash
            conda init bash
            conda activate miniconda/envs/snakemake-workflows/
            snakemake -s workflows/download_fastq/Snakefile --directory workflows/download_fastq -n -j 48 --quiet
            '''
        }
    }

miniconda 的安装似乎可以工作，但是阶段测试下载的下一步会导致错误：

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

我该如何继续？我需要初始化我的 conda，但它似乎没有效果（我在创建环境时以及尝试激活它时执行此操作）。

如果 conda 以静默模式安装（-b 标志），那么它不会编辑您的 bashrc （请参阅https://docs.anaconda.com/anaconda/install/silent-mode/ https://docs.anaconda.com/anaconda/install/silent-mode/）。所以在Test downloading阶段您将必须再次手动初始化它。

这应该有效：

stage('Test downloading') {
            steps {
                sh '''#!/usr/bin/env bash
                source $WORKSPACE/miniconda/etc/profile.d/conda.sh
                conda activate miniconda/envs/snakemake-workflows/
                snakemake -s workflows/download_fastq/Snakefile --directory workflows/download_fastq -n -j 48 --quiet
                '''
            }
        }