在 r 中使用 reprex 包创建可重现的示例,其中正在读取本地文件

2024-05-03

我经常使用reprex::reprex创建可重复的示例R代码以获得其他人的帮助以消除我的代码中的错误。通常,我使用数据集创建最小的示例,例如iris or mtcars而且效果很好。 但我总是无法使用reprex任何时候我需要使用我的own数据,因为问题是如此具体,我不能依赖来自的数据集datasets图书馆。

在这种情况下,我收到以下错误:

# loading needed libraries
library(ggplot2)
library(cowplot)
library(devtools)

# reading the datafile
data <- utils::read.csv(file = "data.csv")
#> Warning in file(file, "rt"): cannot open file 'data.csv': No such file or
#> directory
#> Error in file(file, "rt"): cannot open the connection

创建于 2018-02-19代表包 http://reprex.tidyverse.org(v0.2.0)。

预演中有一场精彩的讨论reprex其他地方的时代(如何制作一个出色的 R 可重现示例? https://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example)。作者建议使用类似的东西dput-

如果您有一些数据很难使用 这些提示,那么您始终可以制作原始数据的子集, 使用例如head(), subset()或指数。然后使用例如。dput()到 给我们一些可以放进去的东西R立即地

但也提到——

如果您的数据框有一个具有多个级别的因子,则dput输出 可能很笨拙,因为它仍然会列出所有可能的因素 级别,即使它们不存在于您的数据子集中。

因此,如果我想使用我的完整数据集,这不是一个好的选择。

总之:

任何人都知道如何创建一个reprex即使它依赖于使用包含以下内容的本地文件,它也是独立的all你的数据?


默认情况下,reprex 强烈鼓励在会话临时目录中执行。但有时不可避免地要引用特定的本地文件,所以是的,必须有一种方法来做到这一点。

要求所有工作在当前工作目录, set outfile = NA。 (更一般地,您可以使用outfile指定基本文件名和路径的参数。)

如果我提交此 reprex,并将工作目录设置为我的主目录:

reprex({
  getwd()
  writeLines(c("V1,V2","a,b"), "precious_data.csv")
  list.files(pattern = "*.csv")
  read.csv("precious_data.csv")
  },
  outfile = NA,
  venue = "so"
)

我得到这个输出:

getwd()
#> [1] "/Users/jenny"
writeLines(c("V1,V2","a,b"), "precious_data.csv")
list.files(pattern = "*.csv")
#> [1] "precious_data.csv"
read.csv("precious_data.csv")
#>   V1 V2
#> 1  a  b

Created on 2018-09-19 by the reprex package https://reprex.tidyverse.org (v0.2.1)

Using outfile = NA or outfile = "path/to/desired/file/base"是对由以下命令生成的所有文件的位置进行断言控制的通用模式reprex().

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