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RNA-seq——快速下载SRA数据、解决fq文件中测序质量全为 ‘?‘ 的问题
写在前面 在学习RNA seq时 需要从网上下载公开数据集来上手分析 大部分教程都很古老 其中在ncbi中ftp的下载链接已经不存在了 甚至可以直接下载fastq文件 但是 直接下载的fastq文件做fastqc之后结果为一条直线 因为文件
生信学习
SRA数据
GEO
数据挖掘
RNAseq
GEO数据库下载的RDS格式打开后报错
全英文路径正常打开 data lt readRDS 34 D SINGLE PVAT GSE166355 annotatedPVAT Integrated rds 34 点击查看数据报错 报错Error in eval call 34 64
GEO
rds
数据库下载
格式打开后报错
GEO芯片数据探针id转化
以数据集GSE89657为例 xff0c 芯片平台是GPL6244 1 下载表达谱数据 GEO网站手动下载表达谱数据 xff0c 解压 xff0c 去注释 gunzip GSE89657 series matrix txt gz cat G
GEO
芯片数据探针
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