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RNA-seq——四、根据序列比对结果筛选差异基因
目录 1 合并矩阵并进行注释 2 筛选差异基因 DESeq2 写在前面 经过前面的一系列分析 我们得到了几个counts数据 接下来就需要根据这些数据来进行分析 本文使用Rstudio 从序列比对结果中筛选出差异基因 目的是 根据不同基因的
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RNAseq
deseq2
差异基因
基因注释
2022.04.11【读书笔记】
文章目录 摘要 研究意义 转录组学意义 技术比较 研究方法 细胞筛选 文库构建 测序 实验方法 实验流程 常见问题 分析内容 重点 分析内容总览 细胞亚群分类 细胞类型频率统计 Marker基因分析 富集分析 样本差异分析 逆时分析 WGC
读书笔记
单细胞
RNAseq
经验分享
RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结
1 参考课程和博客 B站 RNA seq转录组数据分析入门实战 生信技能树 转录组测序数据分析 简书 RNA seq 1 用conda安装RNA seq所需要的工具 简书 RNA seq 2 1 原始数据下载的几种方法 简书 RNA seq
生信学习
RNAseq
转录组分析
HISAT2
Samtools
单细胞测序基础知识
构建文库 上机测序 根据不同的荧光检测不同的碱基 质量控制 质控QC 去除低质量的序列 表达定量 统计reads数 进而得到表达矩阵 标准化 让所有样本处在同一起跑线上 主成分分析PCA 图中每个点都代表一个样本 不同颜色表示不同类别 在绿
单细胞测序
RNAseq
生信
对FPKM/RPKM以及TPM的理解
虽然一直在接触FPKM RPKM以及TPM 但是仅仅是知道它们是转录本定量的值 并未究其根本 最近看了几篇文献 对其深层次的含义有了进一步的理解 因而在这里记录下来 首先来看FPKM RPKM的起源 在RNA Seq中 最简单的定量基因表达
RNAseq
FPKMRPKM
TPM
RNA-seq——上游分析练习2(数据下载+trim-galore+hisat2+samtools+featureCounts)
目录 软件安装 新建文件夹 一 下载数据 二 质控过滤 1 数据质量检测 2 数据质量控制 3 对处理后的数据再次QC 三 序列比对 1 hisat2比对 2 flagstat检查一下结果 四 featureCounts定量 写在前面 本文
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RNAseq
转录组学
上游分析
HISAT2
RNA-seq——快速下载SRA数据、解决fq文件中测序质量全为 ‘?‘ 的问题
写在前面 在学习RNA seq时 需要从网上下载公开数据集来上手分析 大部分教程都很古老 其中在ncbi中ftp的下载链接已经不存在了 甚至可以直接下载fastq文件 但是 直接下载的fastq文件做fastqc之后结果为一条直线 因为文件
生信学习
SRA数据
GEO
数据挖掘
RNAseq
RNA-seq——上游分析练习(数据下载+hisat2+samtools+htseq-count)
步骤 0 练习前准备 1 找到文章对应的数据集 2 下载数据集 3 与参考基因组进行比对 4 reads计数 5 踩过的一点小坑 写在前面 之前使用的数据是单端测序 但是现在的数据基本都是双端测序 所以又找了个双端测序的例子来练习 之前在单
生信学习
RNAseq
HISAT2
Samtools
htseqcount
RNAseq---Hisat2 标准输出中比对率信息解读
RNA Seq Hisat2 标准输出中比对率信息解读 本文具体解释部分 xff08 一 xff09 中内容复制自Biostar内容 xff0c 后面附上我实际的例子 xff0c 二者略有不同 xff0c 整体理解上没大问题 xff0c 有
RNAseq
HISAT2
标准输出中比对率信息解读