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RNA-seq——四、根据序列比对结果筛选差异基因
目录 1 合并矩阵并进行注释 2 筛选差异基因 DESeq2 写在前面 经过前面的一系列分析 我们得到了几个counts数据 接下来就需要根据这些数据来进行分析 本文使用Rstudio 从序列比对结果中筛选出差异基因 目的是 根据不同基因的
生信学习
RNAseq
deseq2
差异基因
基因注释
生信学习——Linux必做20题(附详细答案解读)
题目列表 1 在任意文件夹下面创建形如 1 2 3 4 5 6 7 8 9 格式的文件夹系列 2 在创建好的文件夹 home qiime2 Desktop test 1 2 3 4 5 6 7 8 9 下创建文本文件 me txt 3 在文
生信学习
Linux
生物信息学
RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结
1 参考课程和博客 B站 RNA seq转录组数据分析入门实战 生信技能树 转录组测序数据分析 简书 RNA seq 1 用conda安装RNA seq所需要的工具 简书 RNA seq 2 1 原始数据下载的几种方法 简书 RNA seq
生信学习
RNAseq
转录组分析
HISAT2
Samtools
install.packages(“hgu133a.db“)报错——解决办法
问题描述 install packages hgu133a db WARNING Rtools is required to build R packages but is not currently installed Please do
生信学习
R包
hgu133adb
生物信息学
生信学习——生信人的20个R语言习题(上)(附详细答案解读)
题目目录 1 安装一些R包 2 了解ExpressionSet对象 比如CLL包里面就有data sCLLex 找到它包含的元素 提取其表达矩阵 使用exprs函数 查看其大小 3 了解 str head help函数 作用于第二步提取到的
生信学习
R语言
数据分析
RNA-seq——三、使用Hisat2进行序列比对
步骤 1 下载对应的index 2 序列比对 3 samtools 将sam文件转为bam文件 4 将bam文件载入IGV 为什么要比对 https www jianshu com p 681e02e7f9af Jimmy老师主要演示了四种
生信学习
HISAT2
Samtools
sam
bam
生信学习——基于R的可视化习题30个(附详细答案解读)
题目目录 一 基础绘图 1 对RNAseq expr的每一列绘制boxplot图 2 对RNAseq expr的每一列绘制density图 3 对RNAseq expr的每一列绘制条形图 4 对RNAseq expr的每一列取log2后重新
生信学习
R语言
数据可视化
数据处理
生信分析
RNA-seq——上游分析练习2(数据下载+trim-galore+hisat2+samtools+featureCounts)
目录 软件安装 新建文件夹 一 下载数据 二 质控过滤 1 数据质量检测 2 数据质量控制 3 对处理后的数据再次QC 三 序列比对 1 hisat2比对 2 flagstat检查一下结果 四 featureCounts定量 写在前面 本文
生信学习
RNAseq
转录组学
上游分析
HISAT2
RNA-seq——快速下载SRA数据、解决fq文件中测序质量全为 ‘?‘ 的问题
写在前面 在学习RNA seq时 需要从网上下载公开数据集来上手分析 大部分教程都很古老 其中在ncbi中ftp的下载链接已经不存在了 甚至可以直接下载fastq文件 但是 直接下载的fastq文件做fastqc之后结果为一条直线 因为文件
生信学习
SRA数据
GEO
数据挖掘
RNAseq
生信学习——R语言小作业-中级(附详细答案解读)
题目目录 1 请根据R包org Hs eg db找到下面ensembl 基因ID 对应的基因名 symbol 2 根据R包hgu133a db找到下面探针对应的基因名 symbol 3 找到R包CLL内置的数据集的表达矩阵里面的TP53基因
生信学习
数据分析
生信分析
R语言
RNA-seq——上游分析练习(数据下载+hisat2+samtools+htseq-count)
步骤 0 练习前准备 1 找到文章对应的数据集 2 下载数据集 3 与参考基因组进行比对 4 reads计数 5 踩过的一点小坑 写在前面 之前使用的数据是单端测序 但是现在的数据基本都是双端测序 所以又找了个双端测序的例子来练习 之前在单
生信学习
RNAseq
HISAT2
Samtools
htseqcount