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单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法
单细胞测序数据的降维方法和细胞亚型鉴定聚类方法是单细胞转录组分析中常用的技术 下面是对这些方法的总结 1 降维方法 主成分分析 PCA PCA是一种常用的降维方法 通过线性变换将高维数据转化为低维表示 保留最大的方差 t SNE t SNE
聚类
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单细胞测序
生信入门(二)——使用limma、Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析
生信入门 二 使用limma Glimma和edgeR RNA seq数据分析 文章目录 生信入门 二 使用limma Glimma和edgeR RNA seq数据分析 一 简介 二 数据背景 三 初始配置 四 数据整合 1 数据下载 2
生信
差异基因分析
R语言
新版TCGA的突变数据SNP下载和整理
关于TCGAbiolinks包的学习前面一共介绍了5篇推文 今天继续学习如何使用TCGAbiolinks下载和整理MAF格式的突变数据 之前的TCGA的MAF文件是可以下载的 每个癌症包含4种软件得到的突变文件 后来就改版了 不让你随便下载
生信数据挖掘
R语言
生信
tcga
单细胞测序基础知识
构建文库 上机测序 根据不同的荧光检测不同的碱基 质量控制 质控QC 去除低质量的序列 表达定量 统计reads数 进而得到表达矩阵 标准化 让所有样本处在同一起跑线上 主成分分析PCA 图中每个点都代表一个样本 不同颜色表示不同类别 在绿
单细胞测序
RNAseq
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R包安装记录
因为重复安装会引起某些问题以及冲突 已安装 library pheatmap 热图包 library corrplot 热图包 library Hmisc library dplyr
笔记
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【学习笔记】R数据科学(R for Data Science)—第3章 使用dplyr进行数据转换
dplyr包是tidyverse中的一个核心R包 dplyr的5个核心函数 按值筛选观测 filter 对行进行重新排序 arrange 按名称选取变量 select 使用现有变量的函数创建新变量 mutate 将多个值总结为一个摘要统计量
生信
R语言
生信入门(六)——单细胞分析(Seurat)
生信入门 六 单细胞分析 Seurat 文章目录 生信入门 六 单细胞分析 Seurat 一 数据导入 1 数据来源 2 数据导入 二 标准预处理 1 QC和选择细胞进行进一步分析 2 规范化数据 3 识别高度可变的特征 特征选择 4 缩放
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单细胞
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【学习笔记】R数据科学(R for Data Science)—第1章 使用ggplot2进行数据可视化
1 代码模板 ggplot data
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R语言
基因富集分析 GSEA for time-course
基因富集分析 Gene Set Enrichment Analysis GSEA 是一种针对全基因组表达谱芯片数据的分析方法 将基因与预定义的基因集进行比较 即综合现有的对基因的定位 性质 功能 生物学意义等信息基础 构建一个分子标签数据库
GSEA
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gene expression matrix