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【生信原理】初探芯片表达谱分析
初探芯片表达谱分析 文章目录 初探芯片表达谱分析 实验目的 实验内容 实验题目 实验过程 数据的获取 解压与读取 数据预处理 背景纠正 标准化和探针信号汇总等 数据过滤 探针过滤 探针注释 添加基因注释信息 limma差异分析 差异表达基因
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信息可视化
表达谱数据分析
基因芯片
群体遗传学---admixture软件快速群体分群
群体遗传学中测的很多个个体 得到了最终的SNP vcf文件 需要将其分成群体 看那几个物种聚在一起 一般使用的软件就是STRUCTURE 但是STREUTURE运行速度极慢 后面frappe软件提升了速度 但是也不是很快 admixture
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生物信息,Perl
【生信算法】利用HMM纠正测序错误(Viterbi算法的python实现)
利用HMM纠正测序错误 Viterbi算法的python实现 问题背景 对两个纯系个体M和Z的二倍体后代进行约 0 05x的低覆盖度测序 以期获得后代个体的基因型 即后代中哪些片段分别来源于M和Z 已知 后代中基因型为MM MZ 杂合 和Z
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Python强基计划
python
算法
viterbi
《人类染色体与染色体病》学习笔记
染色质与染色体 染色质为细丝状 当细胞分裂时 染色质复制反复盘绕高度压缩 凝集形成兴泰特定的条状染色体 以保证DNA能准确分配到两个子细胞中 染色质和染色体的化学组成 DNA和组蛋白占染色质化学总量98 以上 染色质的种类 染色质由于其折叠
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R语言作图——histogram(直方图)
原创 黄小仙 最近小仙同学很是烦恼 本以为自己已经掌握了ggplot2作图的语法 用read csv ggplot geom point boxplot violinplot 就可以画遍天下图表 结果却发现到真正画图的时候 还是会出现不少的
R语言
R语言
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直方图
糖酵解反应动力学方程的微分方程建模
糖酵解反应动力学方程的微分方程建模 题目 对于下面的糖酵解反应 设其满足如下动力学方程 d d
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数学建模
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微分方程
初探生物信息数据库——生信原理第一次实验报告(华农)
初探生物信息数据库 生信原理第一次实验报告 华农 1 实验目的 熟悉NCBI数据库Entrez检索系统 会使用关键词检索NCBI UnitProtKB PubMed等数据库 能理解检索结果页面各条目含义 2 实验题目与解答 2 1 水稻抗病
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华农
实验报告
空间转录组共定位分析的一种方法
主要是利用了Seurat 里面AddModuleScore函数 View project A33 meta data AddModuleScore ILC1 feature lt list c IL7R CCR6 KLRB1 IFNG IF
r
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R语言
【序列比对】Needleman-Wunsch(全局)和Smith-Waterman(局部)算法py实现(多条回溯路径,三叉树思路,超详细注释)
Needleman Wunsch和Smith Waterman算法py实现 多条回溯路径 话不多说 直接上结果图 多条回溯路径 原理 代码详解 以NW为例 导入包以及参数设置 import numpy as np sequence 1 AA
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Needleman wunch
Waterman
序列比对
【生信】初探基因定位和全基因组关联分析
初探QTL和GWAS 文章目录 初探QTL和GWAS 实验目的 实验内容 实验题目 第一题 玉米MAGIC群体的QTL分析 第二题 TASSEL自带数据集的关联分析 实验过程 玉米MAGIC群体的QTL分析 包含的数据 绘制LOD曲线 株高
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人工智能
蛋白+小分子配体md(详细保姆教程)
继续搬一点近期飞书文档模拟的到博客里 参考博客 Gromac中文教程 https jerkwin github io GMX GMXtut 5 E6 A6 82 E8 BF B0 https www jianshu com p b10fe4
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