ASAP标注软件安装教程Ubuntu20.04

2023-11-06

以下转载自Github(需要针对ubuntu20.04+python3.8进行修改):DeepLearningCamelyon/ASAP installation (Ubuntu 16.04) at master · 3dimaging/DeepLearningCamelyon · GitHub

ASAP下载链接:

Releases · computationalpathologygroup/ASAP · GitHub

第一步:安装一些需要的包

sudo apt-get install python3-tk
sudo apt-get install libpython3.6-dev
pip3 install matplotlib numpy

第二步:下载ASAP安装包,安装

#then download ASAP from the website: https://github.com/computationalpathologygroup/ASAP/releases
dpkg -i ASAP-1.8-python36-Linux.deb
# after that, a critical step is:
sudo apt-get -F
#to find where it was installed, use the command:
dpkg -L asap

 第三步:配置环境变量

#Now, we put it in the PYTHONPATH:
PYTHONPATH="/opt/ASAP/bin":"${PYTHONPATH}"
export PYTHONPATH

 第四步:测试有没有安装成功

#now we can begin
#type command : python3
#then we enter python,
>>>import matplotlib.pyplot as plt
>>> import multiresolutionimageinterface as mir
>>> reader = mir.MultiResolutionImageReader()
>>>mr_image = reader.open('/home/wli/Downloads/tumor_036.tif')
>>>tile = mr_image.getUCharPatch(0, 0, dims[0], dims[1], 6)
>>> plt.imshow(tile)
>>> plt.show()
>>> tile =mr_image.getUCharPatch(37000, 90000, 1024, 1024, 0)
>>> plt.imshow(tile)
>>>plt.show()
第五步:安装完成之后的GUI设置
第一次设置:
cd /opt/ASAP/bin
sudo chmod +x ASAP
./ASAP
下次再打开:
cd /opt/ASAP/bin
./ASAP
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