程序员经验分享-hwhale

2022.04.11【读书笔记】

2023-11-19

摘要

本篇笔记为基迪奥单细胞转录组第一节课程笔记，感觉他们家的课程比之前的同行水平要高一些，并且价格公道，整体课程性价比较高，鼓励大家学习，这里记录一下课程重点。

研究意义

转录组学意义

作为DNA到蛋白质的枢纽（中心法则），其高通量分析的实现性和可解读性较强。

技术比较

普通转录组：数据混沌，样本信息被人为平均化，导致信息缺失
单细胞转录组：标记单细胞，数据以细胞为单位，分辨率提高，可研究时间序列分析；细胞异质性；精微组织及稀有细胞研究。
在这里插入图片描述

研究方法

在这里插入图片描述

细胞筛选

特异性筛选与非特异性筛选
特异性筛选：显微吸取、显微切割、流式分选
非特异性筛选：微液滴、微流控

文库构建

10X Genomics
在这里插入图片描述

测序

在这里插入图片描述

实验方法

实验流程

实体组织：去除附着组织，用HBSS清洗组织；将组织剪成2-4mm3的碎块
组织酶解：低速摇床恒温酶解组织；300g离心30秒去除组织碎片；40um滤网过滤剩余组织碎片和细胞团
细胞悬液：DPBS清洗细胞悬液3次；细胞活性和细胞浓度技术后用于单细胞建库。

常见问题

在这里插入图片描述

分析内容（重点）

分析内容总览

在这里插入图片描述

细胞亚群分类

细胞群体划分：将潜在的同一类型的细胞划分为一个细胞亚群
在这里插入图片描述

细胞类型频率统计

Marker基因分析

已知标记基因鉴定细胞类型，图形展示包括而不限于：tSNE/UMAP图，热图，小提琴图，气泡图等
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

富集分析

分析目的：通过富集分析揭示细胞亚群可能具有的细胞功能
常用方法：超几何检验，GSEA，GSVA
图形展示：柱形图，全图，气泡图，热图
在这里插入图片描述

样本差异分析

分析目的：对同一细胞类型进行不同样本之间的差异分析，
以揭示实验处理效应带来的基因变化特征
检验方法：Wilcoxon，MAST，似然比
图形展示：tSNE/UMAP图，热图，小提琴图，气泡图
在这里插入图片描述

逆时分析

分析目的：通过单细胞数据推测细胞之间存在的分化关系
常用软件：monocle2，PAGA，Palantir
图形展示：轨迹图，趋势散点图，热图
在这里插入图片描述

WGCNA

分析目的：寻找共表达基因，探索与研究目的相关的基因
群体
常用软件：WGCNA
图形展示：热图、网络图
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

细胞通讯分析

分析目的：通过配受体基因在细胞的表达情况，推测存在
细胞间相互作用的细胞群体以及发生作用的配受体信号
常用软件：cellphoneDB，cellchat，NicheNet
图形展示：气泡图，网络图，热图
在这里插入图片描述

转录因子分析

分析目的：从TF和靶基因的表达量推测细胞中可能存在的
基因调控网络
常用软件：SCENIC
图形展示：热图，网络图
在这里插入图片描述

总结

第一次课，讲师简单介绍了一下单细胞转录组的整个实验流程，不过对于我而言，只有生信分析这部分内容是比较重要的。之后还会有具体的实操课程，我也会整理笔记发出来，欢迎加微信bbplayer2021进交流群一起学习。

本文内容由网友自发贡献，版权归原作者所有，本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容，请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

读书笔记

单细胞

RNAseq

经验分享

2022.04.11【读书笔记】 的相关文章

  • 从零开始的Docker详解（五）

    Docker容器互联 简介 docker可以定义一个连接系统将多个容器都连接在一起 共享连接信息 docker链接会创建一个父子关系 其中父容器可以看到子容器的信息 新建网络 使用命令docker network ls来查看当前已有的doc

随机推荐

  • 微信小程序从后台拿数据并成功展示到前台——demo

    项目结构 我没有使用index文件夹 使用了自己创建的test文件夹 1 创建好页面之后配置app json 2 前台页面 3 页面的js 4 页面展示效果 5 后台代码 一开始还想自己进行json转换 发现有线程的注解可以使用达到对象和j

  • tf好朋友之matplotlib的使用——annotate标注的使用

    tf好朋友之matplotlib的使用 annotate标注的使用 标注常用函数及其作用 1 plt annotate 2 plt text 应用示例 标注常用函数及其作用 1 plt annotate plt annotate s xy

  • 【Git】Github 上传文件常见的几种错误及尝试的解决方法

    文章目录 一 分支引发的错误 二 经常性的网络引发的错误 三 没有找到名为 HEAD 的引用 四 无法识别远程仓库 一 分支引发的错误 具体的错误类型为 error failed to push some refs to https git

  • 【软件测试】Requests库中处理cookie的几种方式

    前言 发送请求时经常需要利用请求头中的cookie字段来做用户访问状态的保持 关于的cookie的处理常见有下面一些处理方式 这里做个小小的总结 1 直接在请求中传递cookies参数 import requests host http 1

  • [163]星号密码探测工具 - 代码远程线程注入的简单运用

    忙里偷闲 在看雪论坛上面看到有人发布了一个 Win7星号密码探测工具 发现 有那么一点 小用处 用处不大的原因是 这个程序的的能力相当有限 只能查看一部分安全性不高的软件的密码框里面的程序 如果你要拿它来看QQ的密码 想当然 那是不可能了

  • printf怎么输出? 如何正确使用%s,%c,%d,%p?=＞这篇详解用法

    printf怎么输出 gt 如何正确使用 s c d p d试例 include

  • jquery 全国 三联 地址选择

    https www jq22 com demo jquery jdxz20160902

  • 中文命名实体识别

    中文命名实体识别 1 语言技术平台 LTP 2 Pyhanlp 3 BosonNLP 1 语言技术平台 LTP LTP官方地址 语言技术平台 Language Technology Plantform 要想用LTP实现中文命名实体识别非常简

  • JAVA基础06方法

    6 方法 方法可以用于定义可重用的代码以及组织和简化编码 6 1 定义方法 方法的定义由方法名称 参数 返回值类型以及方法体组成 定义方法的语法如下所示 修饰符 返回值类型 方法名 参数列表 方法体 我们一起来看一个方法的定义 该方法找出两

  • Normalizing Flows （NF) - 流模型 - 研究方向

    Normalizing Flows An Introduction and Review of Current Methods 2020 TPAMI Open problems and possible research direction

  • K8S暴露端口-dubbo应用远程Debug

    1 Dockerfile增加环境变量 ENV JAVA OPTS Xdebug Xrunjdwp transport dt socket address 9901 server y suspend n 2 暴露端口 template ser

  • Spring的两种IOC容器

    文章目录 Spring IOC容器 BeanFactory 怎样创建BeanFactory BeanFactory中的方法 ApplicationContext 几种ApplicationContext 如何创建ApplicationCon

  • 安装batocera-linux教程_batocera游戏系统，一个U盘搞定所有模拟器

    本帖最后由 仙鬼同拥 于 2020 5 10 09 57 编辑 去年有人发过一个求助帖找这个模拟器系统 今天有人私信说链接打不开了 就自己开一贴说一下下载安装过程吧 原求助帖地址https www 52pojie cn thread 994

  • STM32 高级定时器周期、频率、占空比、对外输出电压详解

    STM32 高级定时器 最近在研究电机 对TIM定时器研究了一些 将一些存在疑惑的问题 通过试验和示波器分析 得到以下结论 供大家学习参考 1 介绍输出电压高低判断 输出比较时 OC1对外输出电压为示波器可以读取的电压 也是我们最终使用的电

  • c语言 凯撒加密

    为了防止信息被别人轻易窃取 需要把电码明文通过加密方式变换成为密文 输入一个以回车符为结束标志的字符串 少于80个字符 再输入一个整数offset 用凯撒密码将其加密后输出 恺撒密码是一种简单的替换加密技术 将明文中的所有字母都在字母表上偏

  • 解决Docker容器中Mysql中文乱码问题

    进入容器 修改 etc mysql my cnf 添加如下配置 client port 3306 socket var lib mysql mysql sock default character set utf8 mysqld port

  • Microsoft Office 2010安装

    哈喽 大家好 今天一起学习的是office2010的安装 有兴趣的小伙伴也可以来一起试试手 一 测试演示参数 演示操作系统 Windows 7 不建议win10及以上操作系统使用 系统类型 64位 演示版本 SW DVD5 Office P

  • python库Camelot从pdf抽取表格数据以及python库camelot安装及使用中的一些注意事项

    一 python库camelot安装及使用中的一些注意事项 1 camelot方法有两种解析模式 流解析 stream 格子解析 lattice 其中格子解析能够保留表格完整的样式 对于复杂表格来说要优于流解析模式 同时 camelot方法

  • word2016怎么显示修改痕迹

    写需求文档时 想保留每次和产品沟通后修改的痕迹 避免扯皮 这就使用到了 word的审阅功能 1 点击 审阅 点击图中1的图片 点击高级选项进行修改内容的标记设置

  • 2022.04.11【读书笔记】

    文章目录 摘要 研究意义 转录组学意义 技术比较 研究方法 细胞筛选 文库构建 测序 实验方法 实验流程 常见问题 分析内容 重点 分析内容总览 细胞亚群分类 细胞类型频率统计 Marker基因分析 富集分析 样本差异分析 逆时分析 WGC

热门标签