从 python 执行 R 脚本

我有一个 R 脚本，可以绘制一些图。我希望能够从 python 执行这个脚本。

我首先尝试：

import subprocess
subprocess.call("/.../plottingfile.R", shell=True)

这给了我以下错误：

/bin/sh: /.../plottingfile.R: Permission denied
126

我不知道126这个数字意味着什么。我的所有文件都在桌面上，因此我认为不需要任何特殊权限？我认为这个错误可能与 cwd = none 有关，但我改变了这一点，但仍然有错误。

接下来我尝试了以下操作：

subprocess.Popen(["R --vanilla --args </.../plottingfile.R>"], shell = True)

但这也给了我一个错误：

/bin/sh: Syntax error: end of file unexpected.

最近我尝试过：

subprocess.Popen("konsole | /.../plottingfile.R", shell = True)

这打开了一个新的 konsole 窗口，但没有运行 R 脚本。另外，我收到以下错误：

/bin/sh: /.../plottingfile.R: Permission denied

Thanks.

首先，确保您的 platttingfile.R 脚本位于您可以访问的位置。通常它是同一个目录。

我在互联网上读到有一个实用程序称为RScript用于执行R来自命令行的脚本。因此，为了运行该脚本，您可以像这样使用 python：

import subprocess
retcode = subprocess.call(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R'])

这将返回retcode成功完成后为 0。如果您的plottingfile.R 返回某种输出，它将被抛出到 STDOUT 上。如果它拉起一些 GUI，那么它就会出现。

如果你想捕获 stdout 和 stderr，你可以这样做：

import subprocess
proc = subprocess.Popen(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R'], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
stdout, stderr = proc.communicate()