glmmLasso 错误和警告

2023-12-02

我正在尝试使用 glmmLasso 在广义线性混合模型中执行变量选择,但出现了一个我无法解决的错误和警告。数据集不平衡,一些参与者(PTNO)拥有比其他参与者更多的样本;无缺失数据。我的因变量是二进制的,所有其他变量(除了 ID 变量 PTNO)都是连续的。 我怀疑正在发生一些非常普遍的事情,但显然没有看到它,也没有在文档或网络上找到任何解决方案。 该代码基本上是根据 glmmLasso 足球示例改编的:

glm8 <- glmmLasso(Group~NDUFV2_dCTABL+GPER1_dCTABL+ ESR1_dCTABL+ESR2_dCTABL+KLF12_dCTABL+SP4_dCTABL+SP1_dCTABL+  PGAM1_dCTABL+ANK3_dCTABL+RASGRP1_dCTABL+AKT1_dCTABL+NUDT1_dCTABL+                   POLG_dCTABL+   ADARB1_dCTABL+OGG_dCTABL+ PDE4B_dCTABL+  GSK3B_dCTABL+ APOE_dCTABL+  MAPK6_dCTABL, rnd = list(PTNO=~1),  
    family = poisson(link = log), data = stackdata, lambda=100, 
    control = list(print.iter=TRUE,start=c(1,rep(0,29)),q.start=0.7)) 

错误消息显示如下。具体来说,我不相信数据集中存在任何 NA,并且我不确定有关因子变量的警告的含义。

迭代1 grad.lasso[b.is.0]

包含必要变量的缩写数据集以 R 格式提供,可以下载here。 我希望我能得到一些关于如何继续分析的指导。如果数据集有问题或者无法下载,请告诉我。任何帮助深表感谢。


只是为了跟进上面@Kristofersen 的评论。它确实是start向量会扰乱你的分析。

If I run

glm8 <- glmmLasso(Group~NDUFV2_dCTABL+GPER1_dCTABL+ ESR1_dCTABL+ESR2_dCTABL+KLF12_dCTABL+SP4_dCTABL+SP1_dCTABL+  PGAM1_dCTABL+ANK3_dCTABL+RASGRP1_dCTABL+AKT1_dCTABL+NUDT1_dCTABL+                   POLG_dCTABL+   ADARB1_dCTABL+OGG_dCTABL+ PDE4B_dCTABL+  GSK3B_dCTABL+ APOE_dCTABL+  MAPK6_dCTABL, 
                  rnd = list(PTNO=~1), 
                  family = binomial(), 
                  data = stackdata, 
                  lambda=100,     
                  control = list(print.iter=TRUE))

那么一切都很好(即它收敛并产生一个解决方案)。您已经复制了泊松回归的示例,并且需要根据您的情况调整代码。我不知道输出是否有意义。

快速说明:我在上面的代码中运行了二项式分布,因为您的结果是二进制的。如果估计相对风险有意义,那么泊松可能是合理的(并且它也会收敛),但您需要重新编码您的结果,因为这两组定义为1 and 2这肯定会扰乱泊松回归。

换句话说,做一个

stackdata$Group <- stackdata$Group-1

在运行分析之前。

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