在 SimpleITK 中对 3D 图像切片进行操作并创建新的 3D 图像

我将 3D 图像从 NIfTI 文件读入 SimpleITK（使用 python），获取每个轴向切片，对其进行处理，然后将新的 2D 切片重新插入具有（希望）适当尺寸的 3D 体积中。例如，

output = sitk.Image(original.GetSize(), sitk.sitkFloat32)
output.CopyInformation(original)
for z in numpy.arange(original.GetDepth()):
    image = original[:,:,z]
    << Do Something in SimpleITK>>
    << Produce a new 2D image = newimage >>
    output[:,:,z] = newimage

最后一步是抛出错误

In [???]: (executing line ??? of "code.py")
Traceback (most recent call last):
  File "code.py", line ???, in <module>
    output[:,:,z] = newimage
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/SimpleITK-0.8.1-py2.7-macosx-10.10-intel.egg/SimpleITK/SimpleITK.py", line 3894, in __setitem__
    raise IndexError("invalid index")
IndexError: invalid index

完成 for 循环中最后一步的正确语法（或命令集）是什么？

使用粘贴功能将切片图像粘贴到体积中。唯一的小技巧是粘贴函数假设两个图像都是 3d。因此，您需要将 2D 图像转换为 3D 图像（z 大小为 1）。您可以使用 JoinSeries 函数来完成此操作。

这是一个示例 python 脚本来展示它是如何工作的

#! /usr/bin/env python

import SimpleITK as sitk

# make a black volume
vol_img = sitk.Image(100,100,100,sitk.sitkUInt8)

# make a white slice
slice_img = sitk.Image(100,100,sitk.sitkUInt8)
slice_img = slice_img + 200

# convert the 2d slice into a 3d volume
slice_vol = sitk.JoinSeries(slice_img)

# z insertion location
z = 42

# paste the 3d white slice into the black volume
pasted_img = sitk.Paste(vol_img, slice_vol, slice_vol.GetSize(), destinationIndex=[0,0,z])

sitk.Show(pasted_img)