SGE批处理文件未读取.bashrc并且未找到conda命令[重复]

2023-12-03

我有多个conda环保工作良好。当我尝试使用提交作业时qsub对于上海金交所来说,.bashrc文件未读取。批处理脚本如下所示:

#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd
#$ -l h_cpu=48:00:00
#$ -l h_vmem=2048M
#$ -q pascal@pascal-[0123]-0[01234567]
## allocate the number of cores:
#$ -pe mpi 1
export OMP_NUM_THREADS=4

conda activate my_env
python ./test.py

我收到错误:conda: Command not found.另外,它找不到像这样的 bash 命令export.

source ~/.bashrc or source ~/.bash_profile没有帮助。

如果我使用qsub -V ....,代码以某种方式运行,但它说

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

但是,我不想使用qsub -V由于一些外部原因。

我是这个集群的新手,所以我一无所知。我只是希望能够在不同的之间自由选择conda enviroments在批处理脚本中。请帮忙。

编辑1:看到评论后

#!/bin/bash -l
#$ -cwd
#$ -l h_cpu=48:00:00
#$ -l h_vmem=2048M
#$ -q pascal@pascal-[0123]-0[01234567]
## allocate the number of cores:
#$ -pe mpi 1
setenv OMP_NUM_THREADS 1

conda activate my_env
python ./test.py

给我conda: Command not found.


None

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