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使用 qsub 提交连续且独立的作业的速度有多快?
这个问题与pbs 作业忙时无输出 https stackoverflow com questions 13804373 pbs job no output when busy 即 当 PBS Torque 处于 忙 状态时 我提交的一些作业
python
clustercomputing
pbs
qsub
torque
如何在qsub中指定错误日志文件和输出文件
我有一个 qsub 脚本 submit job sh bin sh N job1 t 1 100 cwd SEEDFILE home user1 data1 SEED sed n e SGE TASK ID p SEEDFILE home
bash
clustercomputing
qsub
sungridengine
等待用户的所有作业完成,然后再将后续作业提交到 PBS 集群
我正在尝试调整一些 bash 脚本以使它们在 pbs questions tagged pbs 簇 各个任务由由主脚本启动的多个脚本执行 到目前为止 这个主脚本在后台启动多个脚本 通过附加 使它们在一台多核机器上并行运行 我想用以下方式替换
shell
clustercomputing
wait
pbs
qsub
qsub 是否将命令行参数传递给我的脚本?
当我使用提交作业时 qsub script sh is 内部设置为某个值script sh 也就是说 是否有任何命令行参数传递给script sh 您可以使用 qsub 的 F 选项将参数传递给作业脚本 qsub script sh F a
pbs
qsub
torque
PBSPro qsub 输出错误文件定向到名称中包含 jobid 的路径
我正在使用 PBSPro 并尝试使用 qsub 命令行提交作业 但似乎无法按照我想要的方式命名输出和错误文件 目前使用 qsub N subjobname short o path o PBS JOBID e path e PBS JOBI
stdout
stderr
pbs
qsub
在集群的节点上启动 Jupyter Notebook(高性能计算或 HPC 设施)
我想在集群的一个节点上运行 jupyter 笔记本 不在登录节点上 我可以在登录节点上远程运行 jupyter 笔记本 但这会不必要地减慢集群的使用速度 请指导我如何从本地桌面在节点上启动 jupyter 笔记本 我们的集群使用PBS作业提
jupyternotebook
clustercomputing
HPC
pbs
qsub
SnakeMake中使用Conda环境上SGE集群问题
有关的 使用 Python 脚本 conda 和 cluster 的 SnakeMake 规则 https stackoverflow com questions 45801643 snakemake rule with python sc
python
conda
qsub
sungridengine
snakemake
SGE 提交的作业状态不会从“qw”改变
我在 ubuntu 14 04 上使用 Sun Grid Engine 对要在多核 CPU 上运行的作业进行排队 我已经在我的系统上安装并设置了 SGE 我创建了一个 hello world 目录 其中包含两个 shell 脚本 即 hel
jobscheduling
qsub
sungridengine
可以使用不同的路径/通配符定义snakemake输入规则吗
我想知道是否可以定义一个依赖于不同通配符的输入规则 详细地说 我使用 qsub 在不同的 fastq 文件上运行这个 Snakemake 管道 它将每个作业提交到不同的节点 原始 fastq 上的 fastqc 不依赖其他作业的下游 适配器
shell
Bioinformatics
snakemake
qsub
SGE批处理文件未读取.bashrc并且未找到conda命令[重复]
这个问题在这里已经有答案了 我有多个conda环保工作良好 当我尝试使用提交作业时qsub对于上海金交所来说 bashrc文件未读取 批处理脚本如下所示 bin bash S bin bash cwd l h cpu 48 00 00 l
bash
conda
clustercomputing
jobs
qsub