R pheatmap:执行聚类并显示每个注释类别的树状图

2023-12-04

我知道如何使用 pheatmap 按注释类别对行(基因)进行分组,并且我知道如何对整组行(基因)执行 Person 的相关聚类,但我想要完成的是执行聚类(并显示独立的每个类别独立的树状图)。

这可能吗?或者我是否被迫为每个类别创建单独的热图以在类别的基础上进行聚类?

检查下面我的 MWE:

set.seed(1)
library(pheatmap)

mymat <- matrix(rexp(600, rate=.1), ncol=12)
colnames(mymat) <- c(rep("treatment_1", 3), rep("treatment_2", 3), rep("treatment_3", 3), rep("treatment_4", 3))
rownames(mymat) <- paste("gene", 1:dim(mymat)[1], sep="_")

annotdf <- data.frame(row.names = paste("gene", 1:dim(mymat)[1], sep="_"), category = c(rep("CATEGORY_1", 10), rep("CATEGORY_2", 10), rep("CATEGORY_3", 10), rep("CATEGORY_4", 10), rep("CATEGORY_5", 10)))

pheatmap(mymat,
     scale="row",
     cluster_rows = FALSE,
     cluster_cols = FALSE,
     gaps_row=c(10,20,30,40),
     gaps_col=c(3,6,9),
     cellheight = 6,
     cellwidth = 20,
     border_color=NA,
     fontsize_row = 6,
     filename = "TEST1.png",
     annotation_row = annotdf
)

pheatmap(mymat,
     scale="row",
     cluster_rows = TRUE,
     cluster_cols = FALSE,
     clustering_distance_rows = "correlation",#Pearson's
     clustering_method = "average",
     gaps_col=c(3,6,9),
     cellheight = 6,
     cellwidth = 20,
     border_color=NA,
     fontsize_row = 6,
     filename = "TEST2.png",
     annotation_row = annotdf
)

其产生:

test1

test2


None

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