读取注释行以“##”开头的表格

我正在努力使用 R 读取变体调用格式 (VCF) 的表格。 每个文件都有一些以以下开头的注释行##，然后是标题开头#.

## contig=<ID=OTU1431,length=253>
## contig=<ID=OTU915,length=253>
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  /home/sega/data/bwa/reads/0015.2142.fastq.q10sorted.bam
Eubacterium_ruminantium_AB008552    56  .   C   T   228 .   DP=212;AD=0,212;VDB=0;SGB=-0.693147;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,212;MQ=59    GT:PL   1/1:255,255,0

如何在不丢失标题的情况下读取这样的表？ 使用read.table() with comment.char = "##"返回错误："invalid 'comment.char' argument"

如果你想阅读VCF，你也可以尝试使用readVcf from VariantAnnotation在生物导体中。https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/VariantAnnotation.html https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/VariantAnnotation.html

否则，我强烈推荐fread函数于data.table包裹。 它允许您使用skip参数以允许它在找到子字符串时开始导入。

e.g.

fread("test.vcf", skip = "CHROM")

应该管用。