1.感觉满篇好多“the”
先说一点儿统计数据：
和我所做东西紧密相关的7篇快报，总字数14000，the 1000次，平均每14个字出现一次；
英语中频率排名第一的，the，语料库的统计是每16个字出现一次，考虑到学术写作的指代重复性高，情有可原。
所以，你看的满篇的the，不奇怪。
2.如何使用the？
核心：特指用the。
注意，指代的名词可能是前面提到过的，这时候也算是一种特指，还有一种就是没见过的，也具有某种唯一性，或者明确的指向性的，也可以算是特指。
这里的难点是怎么详细的定义特指和泛指。事实上两者的区别做不到泾渭分明，只能按照几条基本法则进行大致划分：
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论文中第一次出现的，往往泛指；再次使用，基本都是特指。绝大多数情况如此。
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noun1+of+noun2,noun1算是被noun2修饰限制，算特指，这点后面有例子。
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noun+（that）+（subject）+verb，noun算是被修饰限制，算特指。
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最高级，比较级等，the best，the better one算特指。
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某些具有指向性的形容词前，the main/principal/only/initial/first/argument算特指。
至于很多地理，组织，宗教，一类和一类中的一个等很多用法，学术写作中很少涉及，此处不做说明，免得失去重点。
以上算是用法比较清楚的。
但有很多情况，可能不是那么清楚，我根据我的理解来简单说下。
The inhibition
of this enzyme is thought to be responsible for the cytotoxicity of ...
At present,
the annotation
of the proteins of A,gambiae is preliminary.
注意，这两个句子中第一个名词前的the都是可有可无的。
为何？因为指代名词后面的斜体部分包含了细节信息，即便inhibition和annotation是第一次出现，其指代也
已经足够明确。一般来说，加the挺好，也算是复合了前面提到的规则；但学术写作中会兼顾精简的原则，倾向于再不造成阅读障碍的前提下去掉。
还有很多类似的句子，尤其是学术写作中定语足够充分的情况下，去掉，防止the满屏，会是个好的做法。
3.判断标准
能否在作者不做解释的情况下，让读者自己理清指代关系。
能，就是用对了。
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