networkx 有向图属性错误 self._succ

2024-01-29

Context:我正在尝试运行另一位研究人员的代码 - 它描述了湾区道路网络的交通模型,该模型容易受到地震灾害的影响。我是 Python 新手,因此非常感谢您帮助调试以下错误。

Issue:当我尝试按照文件中提供的示例数据运行代码时,按照自述文件中的说明进行操作时,出现以下错误。

DN0a226926:quick_traffic_model gitanjali$ python mahmodel_road_only.py
You are considering 2 ground-motion intensity maps.
You are considering 1743 different site locations.
You are considering 2 different damage maps (1 per ground-motion intensity map).
Traceback (most recent call last):
  File "mahmodel_road_only.py", line 288, in <module>
main()
  File "mahmodel_road_only.py", line 219, in main
  G = get_graph()
  File "mahmodel_road_only.py", line 157, in get_graph
  G = add_superdistrict_centroids(G)
  File "mahmodel_road_only.py", line 46, in add_superdistrict_centroids
  G.add_node(str(1000000 + i))
  File "/Library/Python/2.7/site-packages/networkx-2.0-py2.7.egg/networkx/classes/digraph.py", line 412, in add_node
if n not in self._succ:
  AttributeError: 'DiGraph' object has no attribute '_succ'

调试:基于其他一些问题,这个错误似乎源于networkx版本(我使用2.0)或Python版本(我使用2.7.10)的问题。我经历了其他问题中引用的迁移指南 https://networkx.github.io/documentation/stable/release/migration_guide_from_1.x_to_2.0.html并发现没有什么我需要改变的mahmodel_road_only.py。我还检查了 digraph.py 文件,发现self._succ被定义为。我还检查了 get_graph() 的定义,如下所示,它调用了 networkx,但没有发现任何明显的问题。

def get_graph():
  import networkx
  '''loads full mtc highway graph with dummy links and then adds a few 
  fake centroidal nodes for max flow and traffic assignment'''
G = networkx.read_gpickle("input/graphMTC_CentroidsLength3int.gpickle")
G = add_superdistrict_centroids(G)
assert not G.is_multigraph() # Directed! only one edge between nodes
G = networkx.freeze(G) #prevents edges or nodes to be added or deleted
return G

Question: 我该如何解决这个问题?是否需要更改 Python 或 Networkx 版本?如果没有,您建议采取哪些后续步骤进行调试?


我相信你的问题与AttributeError:“DiGraph”对象没有属性“_node” https://stackoverflow.com/questions/48647975/attributeerror-digraph-object-has-no-attribute-node/48652932#48652932

问题在于,所研究的图是在 networkx 1.x 中创建的,然后进行腌制的。然后,该图具有 networkx 1.x 对象所具有的属性。我相信这也发生在你身上。

您现在已打开它,并且正在将 networkx 2.x 中的工具应用到该图表。但这些工具假设它是一个 networkx 2.x 有向图,具有 2.x 有向图所需的所有属性。特别是它期望_succ为节点定义,这是 1.x 有向图所没有的。

因此,我认为这里有两种可行的方法:

短期解决方案删除networkx 2.x并替换为networkx 1.11。

这不是最佳选择,因为 networkx 2.x 更强大。此外,为在 2.x 和 1.x 中工作而编写的代码(遵循您提到的迁移指南)在 1.x 中的效率将较低(例如,1.x 代码在某些地方使用列表和2.x 代码使用生成器)。

长期解决方案将 1.x 图转换为 2.x 图(我无法轻松测试,因为我的计算机上目前没有 1.x - 如果有人尝试此操作,请留下评论说明这​​是否有效以及是否有效)您的网络已加权):

#you need commands here to load the 1.x graph G
#
import networkx as nx   #networkx 2.0
H = nx.DiGraph() #if it's a DiGraph()
#H=nx.Graph() #if it's a typical networkx Graph().

H.add_nodes_from(G.nodes(data=True))
H.add_edges_from(G.edges(data=True))

The data=True用于确保保留任何边/节点权重。H现在是一个networkx 2.x有向图,边和节点具有任何属性G有。 networkx 2.x 命令应该可以工作。

奖金长期解决方案联系其他研究人员并警告他/她该代码示例现已过时。

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