引用另一个 Snakemake 规则的输入或输出文件

2024-03-03

如何以编程方式引用另一个 Snakemake 规则的属性?我需要更换什么<whatever is in test1's input>与,为了这个工作?

rule test1:
    input: 'a.txt'

rule test2:
    output: <whatever is in test1's input>   <---- ?
    shell: 'touch {output}'

其他规则可参考rules.<rule_name>如中所解释的文档 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#rule-dependencies。但是,引用的规则需要放在第一位,即在引用的规则之上定义:

rule test1:
    input: 'a.txt'

rule test2:
    output: rules.test1.input  <---
    shell: 'touch {output}'
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