在snakemake规则中使用pyenv

我正在使用 Snakemake 来实现一个漫长而复杂的管道，其中涉及一些外部编写的 python2 脚本。当我尝试使用 pyenv 指定 python2 时，pyenv shell命令失败，同时pyenv global and pyenv local没有影响。我有两个问题。

• 为什么是shell命令缺席？是因为snakemake运行的是非登录非交互式shell吗？
• 是否有可能使用 pyenv 在snakemake规则中切换到python2？

这是一个 Snakefile 示例。

rule aaa:
   output:
      "aaa.txt"
   shell:
      """
      pyenv versions
      python --version
      echo "global"
      pyenv global 2.7.12
      python --version
      echo "local"
      pyenv local 2.7.12
      python --version
      echo "shell"
      pyenv shell 2.7.12
      python --version
      echo "pa-pa, zlyj svite" > aaa.txt
      """

这会产生以下输出。

...
rule aaa:
    output: aaa.txt
    jobid: 0

  system
  2.7.12
  3.5.2
* 3.6.1 (set by PYENV_VERSION environment variable)
Python 3.6.1
global
Python 3.6.1
local
Python 3.6.1
shell
pyenv: no such command `shell'
Error in job aaa while creating output file aaa.txt.
...

如果其他人需要此功能，我有部分答案。据我所知，当snakemake生成一个shell来运行命令时，shell不会读取$HOME/.bashrc, $HOME/.bash_profile, or $HOME/.profile。我通过向其中一个文件添加一个环境变量，然后尝试在一个文件中读取它的值来测试它Snakefile使用现有的 shell（即没有设置该变量的 shell）。但是，生成的 shell 会继承当前 shell 的环境。这相当于添加$PYENV_ROOT/bin给你的$PATH不跑步pyenv init。作为结果，pyenvshell 可以找到命令，但它不能完全运行。

所以，要使用pyenv在Snakefile中，你只需要添加eval "$(pyenv init -)"在您想要使用它的每条规则的开头。例如，以下 Snakefile 按预期工作。

rule aaa:
   output:
      "aaa.txt"
   shell:
      """
      eval "$(pyenv init -)"
      pyenv versions
      python --version
      echo "shell"
      pyenv shell 2.7.12
      python --version
      echo "pa-pa, zlyj svite" > aaa.txt
      """

产生以下输出

...
  system
  2.7.12
  3.5.2
* 3.6.1 (set by PYENV_VERSION environment variable)
Python 3.6.1
shell
Python 2.7.12
...

我仍然不明白为什么没有读取 rc 和配置文件。