不可重现的 R 包可用性检查

在检查软件包向量是否需要安装时，我遇到了一个有趣的错误。要求并卸载 lme4 命名空间会在第二次执行时出现错误，但仅当按特定顺序检查其他一些包时才会出现错误。

isInstalled <- function(package)    # is a package installed and usable?
  {
  loaded <- package %in% .packages()
  out <- requireNamespace(package, quietly=F)
  if(!loaded) try(unloadNamespace(package), silent=F)
  out
  }

isInstalled("car")      # All return TRUE
isInstalled("nnet")
isInstalled("pbkrtest")
isInstalled("lme4")
isInstalled("nloptr")
isInstalled("lme4")     # FALSE (only after commands above)
# no such symbol NLoptR_Optimize in package C:/__Rlibrary/nloptr/libs/x64/nloptr.dll
library(nloptr) # now fails, too

# Problem solved if nnet is checked before car (but not again after car)

我是不是做错了什么isInstalled?

This might be related to the dependency structure of car. Simplified version:

#install.packages(c("miniCRAN","igraph"))
d <- miniCRAN::makeDepGraph(c("car", "nnet", "pbkrtest", "lme4","nloptr"), suggests=FALSE)
plot(d) # for full dependency graph

R 的设计初衷并不是为了允许随意加载和卸载包。您可以尝试这样做，但不能保证成功（尽管经常会成功）。

From ?detach:

如果包有命名空间，则分离它默认情况下不会卸载命名空间（甚至可能在 unload = TRUE 时也不会卸载），并且分离通常不会卸载任何动态加载的编译代码 (DLL)。此外，命名空间中注册的 S3 方法不会被删除。如果您在加载了命名空间的包上使用库，它会附加已加载命名空间的导出。因此，分离并重新附加包可能不会刷新包的部分或全部组件，并且是不可取的。

From ?devtools::unload:

此函数尝试彻底卸载包，包括卸载其命名空间、删除 S4 类定义以及卸载任何已加载的 DLL。不幸的是，S4 类并不是真正设计为干净卸载的，因此我们必须手动修改类依赖关系图才能使其正常工作 - 这适用于我们已经测试过的情况，但可能还有其他情况。同样，自动 DLL 卸载最好针对简单场景进行测试（特别是使用 useDynLib(pkgname) 时，在其他情况下可能会失败。如果您确实遇到失败，请在以下位置提交错误报告：http://github.com/hadley/devtools/issues http://github.com/hadley/devtools/issues.