使用 PyMol，我可以使用 Action -> Find -> Polar Contacts 显示氢键。这会产生接触点，但我想通过仅显示具有这些接触点的残基而不显示其他内容来清楚地显示它们（目前，由于蛋白质的其余部分，视图非常不清楚）。
我想选择所有具有我发现的氢键的残基。我怎样才能做到这一点？
或者，有什么好方法可以显示口袋中两条链之间的氢键，使它们清晰可见？
您可以通过将这些接触定义为新选择来查找配体或分子部分周围的接触。请在此处阅读有关选择的信息（https://pymolwiki.org/index.php/Select https://pymolwiki.org/index.php/Select）或用鼠标选择然后转到（sele）并重命名。使用名称myligand。然后，在命令行中，您可以搜索 3.5 Å 距离内的接触点并命名该选择contacts:
select contacts, myligand around 3.5
请注意，我选择 3.5 Å 假设您有一个 PDB 文件，其中由于分辨率低而未映射氢原子。
当然，你会得到all在此距离内的接触，而不仅仅是氢键，因此您可以在以下范围内创建一个选择myligand在此之前仅包含可能参与氢键的原子。
在下一步中，您将创建一个新选择联系人已满含有全部残基contacts using byres:
select contactsfull, byres contacts
现在您可以独立设计风格联系人已满和你的蛋白质。为了显示氢键，我将使用“查找”->“极性接触”，这将创建另一个仅包含氢键的选择，您可以根据需要设置样式。
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