我正在尝试获取 R 中变量之间的皮尔逊相关系数。这是变量的散点图:
ggplot(results_summary, aes(x =D_in, y = D_ex)) + geom_point(col=ifelse(results_summary$FDR < 0.05, ifelse(results_summary$logF>0, "red", "green" ), "black"))
正如您所看到的,这些变量相关性非常好,因此我预计相关系数很高。然而,当我尝试获取皮尔逊相关系数时,我得到了 NaN!
> cor(results_summary$D_in, results_summary$D_ex, method="spearman")
[1] 0.868079
> cor(results_summary$D_in, results_summary$D_ex, method="kendall")
[1] 0.6973086
> cor(results_summary$D_in, results_summary$D_ex, method="pearson")
[1] NaN
我检查了我的数据是否包含 NaN:
> nrow(subset(results_summary, is.nan(results_summary$D_ex)==TRUE))
[1] 0
> nrow(subset(results_summary, is.nan(results_summary$D_in)==TRUE))
[1] 0
> cor(results_summary$D_in, results_summary$D_ex, method="pearson", use="complete.obs")
[1] NaN
但这似乎不是产生 NaN 的原因。有人可以提供有关这里可能发生的情况的任何线索吗?
谢谢你的时间!