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R 并行作业挂起

2023-12-25

我正在运行网站上写的 Snow-test.R 脚本：

https://hpcf.umbc.edu/other-packages/how-to-run-r-programs-on-maya/ https://hpcf.umbc.edu/other-packages/how-to-run-r-programs-on-maya/

该脚本使用 SLURM 和以下命令在集群上运行：

mpirun -np 1 R CMD BATCH --no-save --no-restore snow-test.R out.dat

R版本是3.5.1。尽管脚本运行并显示 结果，它挂在最后。因此，我需要终止该进程 手动从SLURM排队与scancel命令。

另外，当我使用相同的脚本将 R 版本更改为 3.4.4 时， R 无法运行该脚本，它会抱怨以下消息：

Error in Rmpi::mpi.comm.spawn(slave = mpitask, slavearg = args, nslaves = count,  : 
  MPI_ERR_SPAWN: could not spawn processes
Calls: makeMPIcluster -> <Anonymous> -> .Call
Execution halted

Thanks.


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