编写一个读取示例文件的 R 包小插图?

2023-12-27

我正在尝试为 R 中的包编写一个小插图。我一直在关注范德比尔特大学的教程 http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/HowToCreateAnRPackage官方文档 http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.pdf.

我制造了一个.RnwSweave 文件并将其放入子目录中inst/doc在我的包裹里。在同一个子目录下inst/doc,我放了一个文件夹example包含一些示例文本文件。我的包有一个功能myparser(path)我想在小插图中展示这一点;myparser(path)通过读取具有绝对路径名的文件夹内的文本文件来创建多个数据框path.

然后我使用检查了包R CMD CHECK,并得到这个错误:

* checking running R code from vignettes ...
   ‘mypackage-vignette.Rnw’ using ‘UTF-8’ ... failed
 ERROR
Errors in running code in vignettes:
when running code in ‘mypackage-vignette.Rnw’
  ...
> library(mypackage)
Loading required package: ggplot2

> myparser("/example/")
Warning in file(file, "rt") :
  cannot open file '/example/': No such file or directory

  When sourcing ‘mypackage-vignette.R’:
Error: cannot open the connection
Execution halted

我发现我尝试使用文件夹的相对路径不起作用(可能对我来说应该是显而易见的),但我仍然不确定如何解决这种情况。我不想更换path具有指向文件夹的绝对路径我的电脑,因为这样小插图的代码将无法在其他人的计算机上重现。

如何将示例文件包含在包中,以便小插图的代码可重现?我是否以正确的方式解决这个问题?

(抱歉,这个问题本身并不具有更好的重现性!)


您可以使用system.file('doc', 'example', package = 'mypackage')引用该目录,因为 R 会在构建小插图之前安装该包,正如您在运行时看到的那样R CMD build mypackage.

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