有没有什么方法可以轻松保存来自snakemake规则执行python脚本的日志script
指示?该脚本使用的库已经有一些集成的日志记录,我想存储它们的日志。我不想使用shell
or run
指令,因为在使用 python 脚本时它们都不太舒服。另外,我希望答案会要求对 python 脚本进行最小的更改,主要的更改是Snakemake
文件。这是代码示例:
rule correcting_ids:
input:
"assembly_{type}/{sample}/{dataset}/final.fasta"
output:
"assembly_{type}/{sample}/{dataset}/final.corrected.fasta"
log:
"logs/{sample}/correct_{type}_ids_{dataset}.log"
script:
"scripts/correcting_ids.py"```
您可以将所有 stdout 和 stderr 重定向到日志文件
python:
import sys
with open(snakemake.log[0], "w") as f:
sys.stderr = sys.stdout = f
[rest of the script]
R:
log <- file(snakemake@log[[1]], open="wt")
sink(log)
[rest of script]
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