使用snakemake条件执行多重分析

我在Snakemake上遇到了一些麻烦，到目前为止我还没有找到相关信息 在文档中（或其他地方）。 事实上，我有一个包含不同样本（多重分析）的大文件，我想根据规则后找到的结果停止某些样本的管道执行。

我已经尝试从规则定义中更改此值（使用检查点或 def），为以下规则进行条件输入，并将通配符视为删除一项的简单列表。 下面是我想要做的一个例子（条件 if 在这里只是指示性的）：

# Import the config file(s)
configfile: "../PATH/configfile.yaml"

# Wildcards
sample = config["SAMPLE"]
lauch = config["LAUCH"]

# Rules

rule all:
    input:
        expand("PATH_TO_OUTPUT/{lauch}.{sample}.output", lauch=lauch, sample=sample)


rule one:
    input:
        "PATH_TO_INPUT/{lauch}.{sample}.input"
    output:
        temp("PATH_TO_OUTPUT/{lauch}.{sample}.output.tmp")
    shell:
        """
        somescript.sh {input} {output}
        """

rule two:
    input:
        "PATH_TO_OUTPUT/{lauch}.{sample}.output.tmp"
    output:
        "PATH_TO_OUTPUT/{lauch}.{sample}.output"
    shell:
        """
        somecheckpoint.sh {input}       # Print a message and write in the log file for now

        if [ file_dont_pass_checkpoint ]; then
            # Delete the correspondant sample to the wildcard {sample}
            # to continu the analysis only with samples who are pass the validation
        fi


        somescript2.sh {input} {output}
        """

如果有人有想法，我很感兴趣。 预先感谢您的答复。

如果我理解正确的话，我认为这是一个有趣的情况。如果样本通过了一些检查，则继续分析它。否则，就早点停下来。

在管道的末端，每个样本必须有一个PATH_TO_OUTPUT/{lauch}.{sample}.output既然这是什么规则all无论检查结果如何都要求。

您可以让执行检查的规则写入一个包含标志的文件，该标志指示该样本的检查是否通过（例如标志“通过”或“失败”）。然后根据该标志，执行分析的规则要么进行完整分析（如果通过），要么如果标志为失败则写入空文件（或其他任何内容）。要点如下：

rule all:
    input:
        expand('{sample}.output', sample= samples),

rule checker:
    input:
        '{sample}.input',
    output:
        '{sample}.check',
    shell:
        r"""
        if [ some_check_is_ok ]
        then
            echo "PASS" > {output}
        else
            echo "FAIL" > {output}
        fi
        """

rule do_analysis:
    input:
        chk= '{sample}.check',
        smp= '{sample}.input',
    output:
        '{sample}.output',
    shell:
        r"""
        if [ {input.chk} contains "PASS"]:
            do_long_analysis.sh {input.smp} > {output}
        else:
            > {output} # Do nothing: empty file
        """

如果您根本不想看到失败的空输出文件，您可以使用成功 https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#onstart-onsuccess-and-onerror-handlers在管道末尾删除它们的指令：

onsuccess:
    for x in expand('{sample}.output', sample= samples):
        if os.path.getsize(x) == 0:
            print('Removing failed sample %s' % x)
            os.remove(x)