如何控制提交网格作业时使用的 Perl 版本?

2024-03-12

我正在与 SGE(Sun Grid Engine)合作将作业提交到网格。我也用perlbrew管理我安装的 Perl 版本。 我写了一些短文sh我用来运行需要特定 Perl 版本 (5.12.2) 的 perl 脚本的脚本,如下所示:

#!/bin/bash
#$-S /bin/bash

source /home/dave/.bash_profile
/home/dave/perl5/perlbrew/bin/perlbrew switch perl-5.12.2

/home/dave/scripts/proc_12.pl --in=/home/dave/in/in.store --dir=/home/dave/in/dir2 --params=/home/dave/in/params.p

现在,当我提交一份工作时,一切正常,但是当我提交很多工作时,我开始得到perlbrew相关错误消息,例如:

ln: creating symbolic link `current' to `perl-5.12.2': File exists
ln: creating symbolic link `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/cpan' to `/home/dave/perl5/perlbrew/perls/current/bin/cpan': File exists
ln: creating symbolic link `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/cpan2dist' to `/home/dave/perl5/perlbrew/perls/current/bin/cpan2dist': File exists
ln: cannot remove `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/cpanp': No such file or directory
ln: cannot remove `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/enc2xs': No such file or directory
ln: cannot remove `/home/dave/perl5/perlbrew/bin/find2perl': No such file or directory

所以我猜/home/dave/perl5/perlbrew/bin/perlbrew switch perl-5.12.2线导致了问题。

我能做些什么?

如何让我的脚本使用 perl-5.12.2(默认为 5.8.8)运行?


我不建议将perlbrew switch perl-5.12.2在您运行的任何脚本中。它实际上仅适用于命令行使用。

如果您需要一个脚本来使用特定版本的 Perl,那么要么给它完整的perlbrewshebang 上的路径:

#!/home/dave/perl5/perlbrew/perls/perl-5.12.2/bin/perl

use 5.012;
use warnings;
...

然后确保其可执行并像这样运行:

chmod +x your_perl_program.pl
./your_perl_program.pl

或者在脚本中使用 perl 二进制文件的完整路径名:

#!/bin/bash

/home/dave/perl5/perlbrew/perls/perl-5.12.2/bin/perl your_perl_program.pl


顺便说一句,如果您在脚本或 Perl 程序中运行任何不合格的内容,您将面临潜在的生产和安全问题。例如:

#!/bin/sh

# security risk
perl some_script.pl

# and not just perl
tar cvf archive.tar *.txt

# production risk
/home/dave/perl5/perlbrew/bin/perl some_other_script.pl

前两个不好,因为它会选择第一个perl & tar它在你的路径中找到。所以这取决于$PATH设置,这可能会成为安全风险。最后一个也不好,因为它依赖于 perlperlbrew当前切换到其运行的时间点:(

因此,这样做可能会成为潜在的生产和安全噩梦。相反,上面应该这样写:

#!/bin/sh

# fully qualified now.  Uses OS provided perl
/usr/bin/perl some_script.pl

# ditto
/usr/bin/tar cvf archive.tar *.txt

# this needs to run in perl 5.12.2
/home/dave/perl5/perlbrew/perls/perl-5.12.2/bin/perl some_other_script.pl

希望一切都有意义吗?

本文内容由网友自发贡献,版权归原作者所有,本站不承担相应法律责任。如您发现有涉嫌抄袭侵权的内容,请联系:hwhale#tublm.com(使用前将#替换为@)

如何控制提交网格作业时使用的 Perl 版本? 的相关文章

  • .profile 无法从 Mac 终端运行

    我有一个 profile 文件 我正在终端中读取并使用别名 但在某些时候 别名由于没有明确的原因而停止工作 其他命令仍在工作 为了快速修复 我删除了 rm 并在用户目录中重新创建了 profile 文件 我可以看到 至少在该目录中没有 ba
  • grid-auto-columns 在 Firefox 中不能完全工作

    我不明白为什么 DIV 3 的大小与 DIV 1 DIV 2 的大小不同 https codepen io anon pen vaVqPW https codepen io anon pen vaVqPW grid display grid
  • 如何在 Linux 中编写文本模式 GUI? [关闭]

    Closed 这个问题正在寻求书籍 工具 软件库等的推荐 不满足堆栈溢出指南 help closed questions 目前不接受答案 当我编写脚本 程序时 我经常想弹出一个简单的文本 gui 来提示输入 我该怎么做 例如 来自 Shel
  • 在 Perl 中使用数据引用的正确方法

    我有一组想要处理的数据 为了简化我的代码 最好通过指向原始数据的引用数组来访问我的数据的某些子集 比解释更好的是 我写下了这个例子 它还没有工作 最后 我想更新原始数据 而不必更新所有子集 用 Perl 可以做这样的事情吗 usr bin
  • 检查一个数字是 int 还是 float

    在perl中 我想检查给定变量是否包含浮点数 为了检查我正在使用的 my Var 0 02 Floating point number if int Var Var floating point number 但上面的代码对于 0 0 不起
  • 如何判断 Bash 中是否存在文件?

    这会检查文件是否存在 bin bash FILE 1 if f FILE then echo File FILE exists else echo File FILE does not exist fi 我如何只检查文件是否存在not ex
  • CSS 网格框架中的间距有什么作用?

    我正在深入研究 Web 开发 并且正在使用 Blueprint CSS 框架 其中包括网格系统 我有几个问题 水沟有什么用处 当然 它们不用于在列之间包含空间 因为您可以使用 margin CSS 属性来实现这一点 对吗 或者排水沟只是一种
  • OSX bash 最小化窗口

    在 Mac 中并使用 bash shell 我想执行一个包含单个命令 启动 Jupyter Lab 的文件并立即最小化终端窗口 有没有办法在不安装第三方软件的情况下做到这一点 是的 只需使用osascript https ss64 com
  • 使用 Cygwin 安装 CPAN GD 模块失败

    我已经尝试解决为什么 CPAN GD 模块无法使用 Cygwin 安装 2 天了 任何帮助深表感谢 谢谢 cpan install GD Going to read home xxxxxxxxxx cpan Metadata Databas
  • 如何在 Windows 下向 .sh 脚本传递参数?

    我正在尝试在 Windows 下执行 sh 脚本 我安装了 Git 它允许我执行 sh 文件 但是 如果不使用 sh 作为执行前缀 我似乎无法传递任何参数 我的 sh 文件 echo Test 1 如果我用以下命令执行它 gt sh tes
  • 如何在shell中输出返回码?

    我正在尝试通过调用自定义 shell 脚本sh bin sh c myscript sh gt log txt 2 gt 1 echo 该命令的输出是创建的后台进程的 PID 我想指导 bin sh保存返回码myscript sh到某个文件
  • 在 bash 脚本中提取 XML 值 [重复]

    这个问题在这里已经有答案了 我正在尝试从 xml 文档中提取一个值 该文档已作为变量读入我的脚本中 原始变量 data is
  • 协助 awk/bash 捕获内存差异

    我正在尝试从以下文件中提取以下输出 xr lab show clock Thu Sep 19 14 38 02 812 WIB 14 38 02 893 WIB Thu Sep 19 2019 xr lab xr lab xr lab sh
  • 客户端浏览器关闭时服务器端 Perl CGI 脚本中断

    我已经尝试解决一个小问题很长一段时间了 但似乎我无法解决 我编写了一个 HTML 页面 它在提交表单时调用 perl CGI 脚本 该 CGI 在服务器端执行一定数量的任务 我让脚本将这些任务的步骤打印到 HTML 页面上的 iframe
  • 快速 Perl signint 处理程序

    收到 Ctrl C 时处理程序清理的最方便 最清晰的方法是什么 例如 当我的套接字服务器以这种方式被终止时 TCP 套接字永远不会关闭 我想要一个很好的衬里 我可以将其放在程序的顶部来设置 sigint 处理程序 或类似 atexit 的东
  • 查找哪个程序运行另一个程序

    我有一个 NAS 运行在 Redhat Linux 的有限版本上 我按照指示破解了它 这样我就可以访问 shell 这很有帮助 我还做了一些修改 其他人也做过修改 除了一个问题之外 它们似乎都工作得很好 不知何故 每隔 22 天 系统就会关
  • 在脚本内使用不带密码的 sudo

    由于某种原因 我需要作为用户在没有 sudo 的情况下运行脚本 script sh 该脚本需要 root 权限才能工作 我认为将 sudo 放入 script sh 中是唯一的解决方案 让我们举个例子 script sh bin sh su
  • 将二进制输出从文件输出重定向到 stdout

    我有一个专有的二进制文件 它顽固地接受两个文件作为参数 第一个作为输入 第二个作为输出 我想 构建第一个参数 不创建临时文件 使二进制写入标准输出而不是输出文件 第二个参数 我解决了第一个问题 lt 但不确定第二个参数 我编写了以下脚本 看
  • 如何在 Perl 脚本中加密或隐藏密码?

    我正在研究 Perl 脚本 它使用Expect http search cpan org dist Expect通过 telnet 登录到远程计算机 不要问 必须使用 telnet 我还根据需要执行 perforce p4 登录操作 并使用
  • Bash 正则表达式——似乎无法匹配任何 \s \S \d \D \w \W 等

    我有一个脚本试图从 gparted 获取信息块 我的数据如下所示 Disk dev sda 42 9GB Sector size logical physical 512B 512B Partition Table msdos Number

随机推荐