在 Python 中保存 VTK 中的数据数组

Question:

如何从 Python 中的 VTK 中提取数据集数组并将其保存在新文件中？e.g.对于具有幅度数据集的 VTKforce, 移位 and current仅提取移位并将其保存在较小的文件中。

Problem:

我在远程服务器上有数百个 4GB VTK 文件，我想提取为不同量级生成的几个数据集之一。在这些数据集中，我有标量和向量。

我编写了以下 VTK Python 代码，在其中读取非结构化网格，并获取第二个数据数组，以便稍后使用“vtkArrayWriter”保存它。

import vtk
Filename = 'file.vtk'
reader = vtk.vtkUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName(Filename)
reader.ReadAllScalarsOn()
reader.ReadAllVectorsOn()
reader.Update()
obj = reader.GetOutput().GetPointData().GetArray(1)
writer = vtk.vtkArrayWriter()
writer.SetInputData(obj)
writer.SetFileName('test.vtk')
writer.Update()

该代码给我以下输出：

类型错误：SetInputData 参数 1：方法需要一个 vtkDataObject、一个 提供了 vtkFloatArray。

我没有设法将“vtkFloatArray”转换为“vtkDataObject”或找到支持“vtkFloatArray”作为输入的特定方法。我没有找到很多相关代码，但可能是我用谷歌搜索了错误的关键字。此时我陷入了困境。

Note:

这与通过在 Paraview 中应用过滤器“PassArays”然后保存可以实现的过程相同，但是考虑到我的问题的大小和特征，这不是一个可行的解决方案。

VTK 有一个vtkPassArrays过滤器的文档是here https://www.vtk.org/doc/nightly/html/classvtkPassArrays.html#details。您需要知道输出文件中所需的数组的名称以及该数组是否是点​​/单元/场数据。

import vtk as v
Filename = 'file.vtk'
reader = v.vtkUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName(Filename)
reader.ReadAllScalarsOn()
reader.ReadAllVectorsOn()
pa = v.vtkPassArrays()
pa.SetInputConnection(reader.GetOutputPort())
pa.AddArray( 0, 'Array1Name' ) # 0 for PointData, 1 for CellData, 2 for FieldData
writer = v.vtkDataSetWriter()
writer.SetFileName('test.vtk')
writer.SetInputConnection(pa.GetOutputPort())
writer.Update()
writer.Write()

输出文件test.vtk将包含所有点和单元格，但仅包含您指定的数组名称。如果您只需要数组而不需要点或单元格，则可以使用以下解决方案VTK NumPy 集成 https://blog.kitware.com/improved-vtk-numpy-integration and numpy.savetxt https://docs.scipy.org/doc/numpy/reference/generated/numpy.savetxt.html.

import numpy as np
import vtk as v
from vtk.numpy_interface import dataset_adapter as dsa
reader = v.vtkUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName(Filename)
reader.ReadAllScalarsOn()
reader.ReadAllVectorsOn()
reader.Update()
usg = dsa.WrapDataObject( reader.GetOutput() )
array1 = usg.PointData['Array1Name'] # Assuming you know the name of the array
# array1 is a child class type of numpy.ndarray type
np.savetxt('array1.dat', array1, fmt='%4.5f' )