给定一个长度的字符串n,我将如何(伪)随机采样m大小子串k这样采样的子串就不会重叠?我的大部分脚本编写经验都是使用 Perl,但任何通用语言的易于运行的解决方案就足够了。
如果输入中不能出现某个字符,例如X
, just:
my $size = 20;
my $count = 20;
my $mark = 'X';
my $input = 'CCACGCATTTTTGTTCATTGTTCTGGCTTCTTACAAGGTTCAGTAGACTTTGTAACACAGTTGTGTCTCTCACAGATTGGCAGATGTTTGGTAAAGGATTGACTTTTCAGCCAACTCATGGGAAAGTGAAATAATGTAAAAAACAGGAAGAATACAGTTTTAGGCCTTTCAAGTGAGGCATGGCTTTCAGCTCTTGGCAAGAACAGGCAAGGAGATGCAAGTTTTAGGACTCTAAGAGGCTAGGCTTTTCAAAGTGCTTCTCTCCCCTTCACCCTCCTTCAGTTACAGCACCAAGCACCACCGAGGTGTTACCTGCAGCCTCACTCTCTACCTGGTTGTGGGATCCTGCCACTTCCTTAACCCACACTGAGTTCCTTGTGGTTCACAGGGTCACACAGAGGGCTGTAGAGATACAAAAGATATATGTGATTTTATATCACCTATCATATGAAGATATATTTATAAAATAGGAAACATATTAACCACTTATCATTTTATATATTTATGGTTTTATGTGTCAAAAATATATTGTTTCATGTATGTATTAAAGGATAAGTATGTATAAGAGGTTTTATAGATGTGTAAAATTATATATTTATACGTATCTTTACAAATTTAAGAATAAAGGAAGGAAAATTCTCAAAGAGGAATTCAGATATCAAGCAGTGCCCTTTGACCAAGAGCCTTGGTTACAACATACCTACAAAAGTGAACTATCATTGAAAGACCTATGGACACTGGATTTCTCTTTCCTTATTTAGAAGGGCAGTCTGTGTCTTGGAAAAGCATACAGTTTGTTGTATCTTGCTGGACAACAGGAGTCA';
if (2*$size*$count-$size-$count >= length($input)) {
die "selection may not complete; choose a shorter length or fewer substrings, or provide a longer input string\n";
}
my @substrings;
while (@substrings < $count) {
my $pos = int rand(length($input)-$size+1);
push @substrings, substr($input, $pos, $size, $mark x $size)
if substr($input, $pos, $size) !~ /\Q$mark/;
}
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