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使用 pysam.TabixFile 注释读取的 Python 脚本中的处理速度振荡
最初的问题 我正在用 python 3 5 编写一个生物信息学脚本 它解析一个大的 排序和索引的 bam https samtools github io hts specs SAMv1 pdf表示在基因组上对齐的测序读数的文件 将基因组信
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performance
python3x
Bioinformatics
Samtools
RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结
1 参考课程和博客 B站 RNA seq转录组数据分析入门实战 生信技能树 转录组测序数据分析 简书 RNA seq 1 用conda安装RNA seq所需要的工具 简书 RNA seq 2 1 原始数据下载的几种方法 简书 RNA seq
生信学习
RNAseq
转录组分析
HISAT2
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RNA-seq——三、使用Hisat2进行序列比对
步骤 1 下载对应的index 2 序列比对 3 samtools 将sam文件转为bam文件 4 将bam文件载入IGV 为什么要比对 https www jianshu com p 681e02e7f9af Jimmy老师主要演示了四种
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HISAT2
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sam
bam
RNA-seq——上游分析练习(数据下载+hisat2+samtools+htseq-count)
步骤 0 练习前准备 1 找到文章对应的数据集 2 下载数据集 3 与参考基因组进行比对 4 reads计数 5 踩过的一点小坑 写在前面 之前使用的数据是单端测序 但是现在的数据基本都是双端测序 所以又找了个双端测序的例子来练习 之前在单
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RNAseq
HISAT2
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htseqcount
BWA比对及Samtools提取目标序列
今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在 xff0c 主要使用BWA和Samtools xff1a bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对 主要包含三种比对算法 xff1a backtrack SW和MEM xff0
BWA
Samtools
提取目标序列