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RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结
1 参考课程和博客 B站 RNA seq转录组数据分析入门实战 生信技能树 转录组测序数据分析 简书 RNA seq 1 用conda安装RNA seq所需要的工具 简书 RNA seq 2 1 原始数据下载的几种方法 简书 RNA seq
生信学习
RNAseq
转录组分析
HISAT2
Samtools
RNA-seq——三、使用Hisat2进行序列比对
步骤 1 下载对应的index 2 序列比对 3 samtools 将sam文件转为bam文件 4 将bam文件载入IGV 为什么要比对 https www jianshu com p 681e02e7f9af Jimmy老师主要演示了四种
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HISAT2
Samtools
sam
bam
RNA-seq——上游分析练习2(数据下载+trim-galore+hisat2+samtools+featureCounts)
目录 软件安装 新建文件夹 一 下载数据 二 质控过滤 1 数据质量检测 2 数据质量控制 3 对处理后的数据再次QC 三 序列比对 1 hisat2比对 2 flagstat检查一下结果 四 featureCounts定量 写在前面 本文
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RNAseq
转录组学
上游分析
HISAT2
RNA-seq——上游分析练习(数据下载+hisat2+samtools+htseq-count)
步骤 0 练习前准备 1 找到文章对应的数据集 2 下载数据集 3 与参考基因组进行比对 4 reads计数 5 踩过的一点小坑 写在前面 之前使用的数据是单端测序 但是现在的数据基本都是双端测序 所以又找了个双端测序的例子来练习 之前在单
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RNAseq
HISAT2
Samtools
htseqcount
Hisat2 Bowtie2比对结果解读
Bowtie的中文意思是 xff1a 领结 xff0c 蝴蝶结 Bowtie2用户手册 xff1a http bowtie bio sourceforge net bowtie2 manual shtml 在看比对结果前需要了解三个概念 x
HISAT2
Bowtie2
比对结果解读
【1】RNA-seq 测序数据之Hisat2比对-featurecount计算-EdgeR分析
一 拿到 测序数据之后 xff0c 首先选择参考基因组及比对工具进行比对 1 Hisat比对 xff1a xff08 6个G的测序数据耗时20分钟 xff0c 比对率78 4 xff09 物种差异度大导致比对率低 build index h
RNA
seq
HISAT2
featurecount
edger
HISAT2 - StringTie - DESeq2 pipeline 进行bulk RNA-seq
软件官网 xff1a Hisat2 xff1a Manual HISAT2 StringTie xff1a StringTie 文章 xff1a Transcript level expression analysis of RNA seq
HISAT2
StringTie
deseq2
pipeline
bulk
hisat2 cifflinks
hisat2 p 8 dta cufflinks x hisat2 data script sh 1 PH 1 1 0h2 1 1 fq gz 2 0h2 1 0h2 1 2 fq gz S 0h2 1 sam
HISAT2
cifflinks
edger和deseq2_转录组分析(二)Hisat2+DESeq2/EdgeR
一 序列比对 在2016年的一篇综述A survey of best practices for RNA seq data analysis xff0c 提到目前有三种RNA数据分析的策略 那个时候的工具也主要用的是TopHat STAR和
edger
deseq2
HISAT2
RNA-Seq比对软件HISAT2的用法
参考网址 xff1a http blog sciencenet cn blog 759995 990471 html 感谢原作者 转载于 https www cnblogs com lmt921108 p 7442839 html
RNA
seq
HISAT2
比对软件
hisat2-build
The hisat2 build indexer 使用dna文件构建索引 xff0c 输出后缀为 1 ht2到 8 ht2的八个文件 如果索引较大 xff0c 后缀改为ht2l 后续的比对需要这八个文件 xff0c 并且一旦索引构建成功 x
HISAT2
Build
RNAseq---Hisat2 标准输出中比对率信息解读
RNA Seq Hisat2 标准输出中比对率信息解读 本文具体解释部分 xff08 一 xff09 中内容复制自Biostar内容 xff0c 后面附上我实际的例子 xff0c 二者略有不同 xff0c 整体理解上没大问题 xff0c 有
RNAseq
HISAT2
标准输出中比对率信息解读
安装Hisat2
一 xff08 MobaXterm Personal xff09 安装aspera 首先进行预编译解压安装 xff1a mkdir Biosofts unzip hisat2 2 2 1 Linux x86 64 zip d Biosoft
HISAT2
RNA-seq数据分析(HISAT2+featureCounts+StringTie)
RNA seq数据分析 简介1 生物基础1 1 中心法则1 2 RNA seq Protocol1 3 RNA seq总的路线图 2 数据分析2 1 前期准备2 1 1 创建目录 amp 安装conda2 1 2 常用文件格式简介 2 2
RNA
seq
HISAT2
featureCounts
StringTie